结论前置：申请劳动仲裁认定劳动关系时，若以超过仲裁时效为由不予受理，这一做法在特定情况下是合法的，但并非绝对。具体是否合法，需结合实际情况及法律规定来判断。

一、仲裁时效的法律规定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定旨在促使劳动者及时行使权利，维护劳动关系的稳定和和谐。然而，仲裁时效并非绝对不可逾越，存在中断、中止等法定情形。

二、超过仲裁时效的程序处理

1. 受理阶段：劳动争议仲裁委员会在收到仲裁申请后五日内，若认为符合受理条件，应当受理并通知申请人。在此阶段，仲裁委员会一般不会仅因超过仲裁时效而直接决定不予受理。

2. 实体审理阶段：

   • 若被申请人以超过仲裁时效进行抗辩，且不存在时效中断、中止等法定情形，仲裁庭将驳回申请人的仲裁请求。此时，不予受理的决定在实体审理阶段是合法的。
   • 若被申请人未提出时效抗辩，仲裁庭通常不会主动适用仲裁时效规定进行审查并作出不利于申请人的裁决。

三、特殊情况下的仲裁时效

• 时效中断或中止：在某些特殊情况下，如因不可抗力或其他正当理由，仲裁时效可能发生中断或中止。例如，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。中断后，仲裁时效期间重新计算。若因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在仲裁时效期间申请仲裁的，时效中止，从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。在这些情况下，即使超过了原定的仲裁时效，劳动者仍可申请仲裁，且仲裁委员会不应以超过时效为由不予受理。

• 劳动报酬争议：劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制；但劳动关系终止后，仍需在一年内提出仲裁申请。这一规定体现了对劳动者劳动报酬权益的特殊保护。

四、超过仲裁时效的后果与建议

1. 后果：

   • 若仲裁委员会在实体审理阶段认定确实超过时效，且被申请人提出时效抗辩，将驳回申请人的仲裁请求。
   • 超过仲裁时效后向法院提起诉讼，法院通常也会以时效已过为由不予受理，除非存在特殊情况（如时效中断、中止等）。

2. 建议：

   • 及时行使权利：劳动者在面临劳动争议时，应尽快了解并行使自己的权利，确保在仲裁时效内提出仲裁申请。
   • 增强法律意识：了解劳动法律法规和仲裁时效的相关规定，以便在权益受到侵害时能够及时、有效地维护自己的权益。
   • 保留证据：在劳动关系存续期间及终止后，注意保留与劳动关系、争议事实相关的证据，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。
   • 寻求专业帮助：如果因特殊原因错过仲裁时效，可以咨询专业律师，了解具体的法律后果和可能的救济途径。

总结来说，申请劳动仲裁认定劳动关系时，若以超过仲裁时效为由不予受理，这一做法在特定情况下是合法的。但劳动者应了解仲裁时效的相关规定，及时行使权利，并在必要时寻求专业帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。