结论：农村土地承包合同即使已经行政机关颁发使用权证，在符合法定情形时，仍可提起民事诉讼确认合同无效。
分析说明：
行政机关颁发使用权证的性质：
- 行政机关颁发农村土地承包经营权证，是对承包方依法取得的土地承包经营权的确认和登记，属于行政确认行为。这一行为主要解决的是土地承包经营权的权属问题，即确认承包方是否享有该土地的承包经营权。
民事诉讼确认合同无效的依据：
- 民事诉讼确认合同无效，是基于合同本身存在法定无效情形，如违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，恶意串通损害他人合法权益等。这些情形与行政机关是否颁发使用权证无直接关联，而是关注合同本身的合法性。
行政确认与民事诉讼的关系：
- 行政确认行为并不排除民事诉讼的适用。即使行政机关已经颁发了使用权证，如果合同本身存在无效情形，当事人仍可以通过民事诉讼途径请求法院确认合同无效。这是因为行政确认行为并不涉及对合同效力的判断，而是对权属的确认。
具体情形下的处理：
- 在实践中，如果当事人对土地承包合同的效力存在争议，且认为合同存在无效情形，可以向法院提起民事诉讼。法院在审理过程中，会综合考虑合同内容、签订过程、当事人意思表示等因素，判断合同是否无效。如果法院认定合同无效，那么即使行政机关已经颁发了使用权证，该证书也不能作为合同有效的依据。
法律建议：
- 如果您认为农村土地承包合同存在无效情形，且已经行政机关颁发使用权证，您仍然可以向法院提起民事诉讼，请求确认合同无效。
- 在提起诉讼前，建议您收集相关证据，如合同文本、签订过程的相关记录、当事人意思表示的证据等，以支持您的诉讼请求。
- 同时，您也可以咨询专业律师，了解具体的诉讼流程和注意事项，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果法院认定合同无效，那么该合同自始没有法律约束力，当事人因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 如果法院认定合同有效，那么您需要继续履行合同义务，或者承担因违约等产生的法律责任。
如有更多疑问，可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律建议。