结论前置：合同一式一份在法律上并不违法，但为了更好地保障双方权益，建议合同双方尽量各持有一份合同原件。
详细分析如下：
一、合同有效性的法律基础
从法律层面来看，合同的份数并不是决定其是否合法的关键因素。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的生效主要取决于以下三个基本条件：
合同主体合法：合同双方必须具有相应的民事行为能力，即能够独立实施民事法律行为，理解并承担合同义务。
意思表示真实：合同双方的意愿表达必须真实，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。
合同内容合法：合同的内容必须不违反法律、行政法规的强制性规定，同时也不得违背公序良俗。
只要合同满足上述条件，无论是一式一份还是一式多份，都是合法有效的。
二、一式一份合同的潜在风险
尽管一式一份的合同在法律上是有效的，但从实践操作和风险防控的角度来看，可能存在以下问题：
证明风险：如果只有一方持有合同原件，另一方在合同执行过程中可能会面临无法证明合同内容的风险。例如，在发生争议时，如果持有合同的一方擅自修改了合同内容，而另一方无法提供原始合同作为证据，就可能处于不利地位。
纠纷解决不便：在发生争议时，缺乏合同备份可能给争议解决带来不便。因为无法及时提供合同原件作为证据，可能影响争议的顺利解决，甚至可能导致争议解决成本增加。
三、建议与实践
为了避免上述潜在风险和纠纷，建议在签订合同时尽量采用一式两份或多份的形式，并确保每一方都能持有一份合同原件。这样做的好处包括：
保障权益：每一方都持有合同原件，可以更好地保护自己的合法权益。在争议发生时，可以及时提供证据支持自己的主张。
便于纠纷解决：多份合同的存在有助于在争议发生时快速明确合同内容，从而更高效地解决纠纷。同时，也可以减少因合同丢失或损毁而带来的不便。
实际应用中的指导意义：
在实际操作中，当事人应更注重合同内容的合法性、真实性和完整性，而不是过分关注合同的份数。然而，为了降低潜在的风险和纠纷，采用一式两份或多份的形式仍然是一个明智的选择。如果合同签订后发生争议，法院将依据《中华人民共和国民法典》的相关规定和合同生效要件来判断合同的效力，而非单纯依据合同的份数。
综上所述，合同一式一份在法律上并不违法，但为了更好地保障双方权益，建议在实际操作中采用一式多份（特别是双方各执一份）的做法。如果您在合同签订或执行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。