农村修房超出部分是否可以罚款以及是否合法，需分情况讨论：

1. 若超出部分违反了当地土地管理法规或乡村规划，行政机关有权进行处罚，包括罚款
   根据《土地管理法》第七十七条、第七十八条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。若超出部分属于非法占地或违反乡村规划，行政机关有权依法进行处罚，包括罚款。但需注意，罚款并非唯一处罚方式，还可能伴随责令拆除、恢复原状等措施。

2. 若超出部分未违反相关法规或规划，则行政机关无权罚款
   若农村修房超出部分是在合法审批范围内，或虽超出但符合当地乡村规划、未占用公共资源或侵害他人权益，则行政机关无权对其进行罚款。此时，超出部分可能通过补办手续、调整规划等方式合法化，而非直接处罚。

进一步说明：

• 合法性前提：农村修房需严格遵守《土地管理法》《城乡规划法》及地方性法规，取得宅基地使用权证和乡村建设规划许可证。未取得许可或超出许可范围建设的，均属违法。
  
• 处罚程序：若需处罚，行政机关需依法定程序进行，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等。罚款需出具正式文书，并明确罚款依据、金额及缴纳方式。
  
• 救济途径：若对处罚不服，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。

建议：

• 修房前务必了解当地政策，办理齐全手续，避免违法风险。
  
• 若已存在超出部分，建议主动与相关部门沟通，寻求合法化途径，而非被动等待处罚。
  
• 如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。