结论前置：未签合同的情况下，公司持有的合同扫描件在法律上的效力及作用需分情况讨论，其是否有效及能否作为证据，主要取决于扫描件的内容、形成过程以及是否满足法律对证据的要求。

1. 扫描件的法律效力基础：

   • 扫描件，作为合同原件的电子化复制件，其法律效力在本质上取决于原件的法律效力。若原件合法有效，且扫描件未经过篡改，能够真实反映原件内容，则扫描件在形式上具备与原件相似的证明力。
   • 然而，在未签订书面合同的情况下，即不存在所谓的“原件”，此时扫描件若仅是双方未达成合意前的草稿或意向性文件，则其本身不具备合同效力。

2. 扫描件作为证据的认定：

   • 在诉讼或仲裁中，证据需满足真实性、合法性、关联性三性要求。扫描件作为证据时，需通过其他证据（如双方交易习惯、聊天记录、邮件往来等）佐证其真实性，且需证明该扫描件与案件事实具有关联性。
   • 若公司仅持有扫描件，而无法提供其他证据证明双方已就合同内容达成一致，或该扫描件存在篡改、伪造等情形，则扫描件可能不被法院或仲裁机构采纳为有效证据。

3. 未签合同下的风险与应对：

   • 对员工而言：未签订书面合同，员工可能面临无法证明劳动关系、工资标准、工作内容等关键事实的风险。此时，员工应积极收集其他证据（如工作证、考勤记录、工资条等）以证明劳动关系及合同内容。
   • 对公司而言：虽持有扫描件，但若无法证明其真实性及与案件事实的关联性，则可能面临败诉风险。公司应尽快与员工补签书面合同，或通过其他方式固定双方权利义务关系，以降低法律风险。

4. 特殊情况下的扫描件效力：

   • 若双方虽未签订书面合同，但已实际履行合同义务（如员工已提供劳动、公司已支付工资等），且双方对此无异议，则根据《民法典》的相关规定，可视为双方已订立口头合同。此时，扫描件若能反映双方实际履行的内容，可能被视为对口头合同的补充或确认，从而具备一定的法律效力。

法律建议：

• 无论是员工还是公司，都应重视书面合同的签订，以明确双方权利义务关系，降低法律风险。
• 若已存在未签合同但实际履行的情况，建议尽快补签书面合同或通过其他方式固定双方权利义务关系。
• 在涉及纠纷时，应积极收集并保存相关证据，以维护自身合法权益。

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