结论：分居多年后一方生重大疾病，另一方在特定条件下可以起诉离婚，但法院是否判决离婚需根据具体情况综合判断。
分析如下：
起诉离婚的法定条件：
- 根据《民法典》的相关规定，夫妻双方感情确已破裂，调解无效的，应准予离婚。分居多年本身并不直接构成离婚的法定理由，但可以作为感情破裂的一个表现。若分居期间双方未履行夫妻义务，且无和好可能，可视为感情破裂。
- 一方生重大疾病，并不直接阻止另一方起诉离婚。然而，法院在审理此类案件时，会考虑患病方的实际情况，包括病情严重程度、治疗需要、生活自理能力等，以及双方的经济状况、婚姻期间的贡献等因素。
法院判决离婚的考量因素：
- 感情破裂程度：法院会评估双方分居的时间、原因、分居期间是否履行夫妻义务等，以判断感情是否确已破裂。
- 患病方的情况：若患病方病情严重，需要长期治疗或护理，且另一方无法提供必要的支持或照顾，法院可能会考虑这一因素对婚姻关系的影响。
- 双方的经济状况：法院会考虑双方的经济能力，包括收入、财产状况等，以判断离婚后双方的生活保障情况。
- 婚姻期间的贡献：包括双方对家庭的付出、对子女的抚养教育等，这些因素也可能影响法院的判决。
特殊情况下的处理：
- 若患病方因重大疾病导致生活不能自理，且另一方拒绝履行扶养义务，患病方或其近亲属可以依法向法院提起诉讼，要求另一方承担扶养责任。但这并不直接阻止另一方起诉离婚，只是可能在离婚诉讼中作为考量因素之一。
- 若双方在分居期间已就离婚事宜达成协议，包括财产分割、子女抚养等，且该协议不违反法律法规的强制性规定，法院在审理离婚案件时可能会予以采纳。
建议：
- 若您面临此类情况，建议首先尝试与对方进行沟通协商，看是否能就离婚事宜达成一致意见。
- 若协商无果，您可以向法院提起离婚诉讼。在诉讼过程中，请务必提供充分的证据证明双方感情确已破裂，以及您提出离婚的合理性和必要性。
- 考虑到患病方的实际情况，法院在判决时可能会更加谨慎。因此，在诉讼过程中，您应充分展示自己的诚意和态度，以及您对患病方的关心和照顾（如果可能的话），以增加法院判决离婚的可能性。
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