结论：合作办学的学历不能认证，能否起诉学校需视具体情况而定，主要取决于学历不能认证的原因以及学校是否存在过错。以下从不同角度进行分析：
一、若学历不能认证是由于学校过错导致
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在合作办学合同中，学校有义务提供符合约定或法律规定的学历教育服务，并确保学生获得的学历能够得到认证。
法律建议：
- 如果学历不能认证是由于学校的教学质量不达标、未按照约定提供教育服务、或者存在其他违约行为导致的，学生有权要求学校承担违约责任。
- 学生可以与学校协商解决，要求学校采取补救措施（如提供额外的教育服务、协助办理学历认证等）或赔偿损失。
- 如果协商无果，学生可以向法院提起诉讼，要求学校承担违约责任，并可能获得相应的赔偿。
可能法律后果：
- 如果法院认定学校存在过错，并导致学生学历不能认证，学校可能需要承担违约责任，包括赔偿学生因此遭受的损失（如学费、生活费、就业机会损失等）。
二、若学历不能认证是由于非学校过错导致
法律背景：
- 如果学历不能认证是由于政策变化、国际认证标准调整、学生自身原因（如未按时提交认证材料、提供虚假信息等）等非学校过错导致的，学校可能不承担违约责任。
法律建议：
- 在这种情况下，学生应首先了解学历不能认证的具体原因，并尝试与学校沟通，看是否可以找到解决方案。
- 如果学校没有过错，且无法提供有效的解决方案，学生可能需要自行承担学历不能认证的后果，或者考虑通过其他途径（如继续深造、参加其他认证考试等）来提升自己的学历和竞争力。
可能法律后果：
- 由于学校没有过错，因此不太可能承担法律责任。学生可能需要自行承担因学历不能认证而带来的不利后果。
三、特殊情况：学校存在欺诈行为
法律背景：
- 如果学校在招生时故意隐瞒或虚假宣传，导致学生误以为能够获得可认证的学历，而实际上无法获得，这可能构成欺诈行为。
法律建议：
- 在这种情况下，学生不仅可以要求学校承担违约责任，还可以考虑向相关部门投诉或举报学校的欺诈行为。
- 学生还可以向法院提起诉讼，要求学校承担欺诈责任，并可能获得惩罚性赔偿。
可能法律后果：
- 如果法院认定学校存在欺诈行为，学校可能需要承担欺诈责任，包括赔偿学生因此遭受的损失，并可能面临行政处罚或刑事责任。
总结与进一步思考：合作办学的学历不能认证能否起诉学校，需根据具体情况来判断。如果学历不能认证是由于学校过错或欺诈行为导致的，学生有权要求学校承担相应的法律责任。如果学历不能认证是由于非学校过错导致的，学生可能需要自行承担不利后果。因此，在遇到此类问题时，建议学生首先了解学历不能认证的具体原因，并与学校进行沟通协商。如果协商无果，可以寻求法律援助或向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。