原配一般不能直接起诉分手了三年且已补偿过的小三，但存在特殊情形。以下从不同角度为你详细分析：
一般情况：原配无直接起诉权
在婚姻关系中，原配与小三之间并不存在直接的法律关系。小三的行为虽然可能违背了道德规范，但从法律层面来看，原配通常不能直接以小三为被告提起民事诉讼，要求其承担法律责任，即便小三在分手时已经获得过补偿。这是因为民事诉讼一般要求原告与被告之间存在直接的法律上的权利义务关系，而原配与小三之间并不满足这一条件。例如，小三与原配的配偶之间可能存在不正当关系，但这并不直接导致原配与小三之间产生法律上的权利义务纠纷。
特殊情况：可能涉及的法律关系及起诉可能性
- 若小三的行为构成侵权
- 法律分析：如果小三的行为不仅违背了道德，还侵犯了原配的合法权益，如侵犯了原配的名誉权、隐私权等，那么原配可以基于侵权法律关系向小三提起诉讼。不过，这种情况与小三是否获得过补偿以及分手时间的长短并无直接关联，关键在于小三的行为是否确实构成了侵权。
- 举例说明：假设小三为了破坏原配的婚姻，在网络上散布关于原配的虚假信息，导致原配的名誉受到严重损害，原配就可以以小三侵犯其名誉权为由，向法院提起诉讼，要求小三承担相应的法律责任，如停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等。
- 若涉及夫妻共同财产的处分问题
- 法律分析：在婚姻关系存续期间，夫妻双方对共同财产享有平等的处分权。如果原配的配偶未经原配同意，擅自将夫妻共同财产赠与给小三，这种处分行为可能因侵犯了原配对共同财产的处分权而无效。在这种情况下，原配可以起诉小三，要求返还被赠与的财产。但需要注意的是，这种诉讼的被告主要是小三，而原配的配偶可能作为第三人参与诉讼。而且，即使小三在分手时已经获得过补偿，如果该补偿是基于无效的财产赠与行为，原配仍然有权要求返还。
- 举例说明：原配的配偶在婚姻关系存续期间，背着原配将夫妻共同存款 50 万元转账给小三。后来，配偶与小三分手，并给小三 10 万元作为补偿。原配发现后，可以起诉小三，要求返还这 50 万元夫妻共同财产。对于已经作为补偿支付的 10 万元，如果能够证明其来源于夫妻共同财产且处分行为无效，原配也有权要求返还。不过，在实际操作中，需要提供充分的证据证明该财产属于夫妻共同财产以及处分行为未经原配同意。
诉讼时效问题
如果原配打算基于上述特殊情况起诉小三，还需要考虑诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。因此，原配需要在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。
如果你有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。