在相邻纠纷案件中，若发现违章建筑，法院通常会根据违章建筑的性质、对相邻权的影响程度以及当事人的诉求，依法作出相应的处理决定，包括确认违章建筑性质、责令限期拆除、排除妨碍、赔偿损失等。以下是对此问题的详细分析：

1. 确认违章建筑性质：

   • 法院在审理相邻纠纷案件时，若发现涉及违章建筑，首先会确认该建筑是否确实属于违章建筑。这通常涉及对建筑规划、建设许可等行政审批文件的审查，以及可能涉及的行政处罚决定或行政确认行为的合法性审查。

2. 责令限期拆除：

   • 若法院确认建筑为违章建筑，且该建筑对相邻权人的合法权益造成了侵害，法院可能会根据《城乡规划法》等相关法律法规，责令违章建筑的建设者或所有者限期拆除。这一处理方式旨在恢复原状，消除对相邻权人的不利影响。

3. 排除妨碍：

   • 在某些情况下，即使违章建筑未被直接责令拆除，法院也可能根据相邻权人的诉求，判决违章建筑的建设者或所有者采取措施排除妨碍。例如，若违章建筑影响了相邻权人的通风、采光、排水等权益，法院可能要求建设者或所有者进行整改，以消除妨碍。

4. 赔偿损失：

   • 若违章建筑的建设或存在给相邻权人造成了实际损失，如因违章建筑导致的房屋价值贬损、生活不便等，法院可能会根据《民法典》中关于侵权责任的规定，判决违章建筑的建设者或所有者赔偿相邻权人的相应损失。

5. 行政与司法衔接：

   • 值得注意的是，违章建筑的认定和处理往往涉及行政机关的职权。在相邻纠纷案件中，若法院认为需要行政机关对违章建筑进行认定或处理，可能会通过司法建议等方式与行政机关进行沟通协调。同时，行政机关对违章建筑作出的行政处罚决定或行政确认行为，也可能成为法院审理相邻纠纷案件的重要依据。