单位扣除全部工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法扣除工资的情形及限制
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，员工因工作失误给公司造成了一定经济损失，公司可以按照规定从其工资中扣除相应赔偿，但不能一次性扣除全部工资。
- 代扣代缴税费社保等
- 用人单位代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用等，属于法律允许的代扣事项。此外，还包括法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。比如，公司每月从员工工资中扣除个人应缴纳的社保费用和个税，这是合法的扣除行为。
- 违反公司规章制度或劳动纪律的合理罚款（需满足一定条件）
- 如果公司的规章制度明确规定了对某些违规行为的处罚措施，并且该制度经过民主程序制定并公示，那么用人单位可以根据规定对员工进行罚款，罚款金额通常从工资中扣除。但需注意，罚款的金额和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。例如，公司规定员工迟到一次罚款50元，且该规定经过民主程序制定并公示，那么公司可以从迟到员工的工资中扣除相应罚款，但不能以此为由扣除全部工资。
非法扣除工资的情形
- 无正当理由随意扣工资
- 用人单位没有任何法定理由或规章制度依据，随意降低劳动者工资标准、克扣工资，属于违法行为。例如，仅因领导个人对员工不满就无故扣减工资，或者公司没有任何合理原因就扣除员工全部工资，这都是不合法的。
- 因行使合法权利而扣工资
- 劳动者依法参加社会活动或行使合法权利（如选举权、投诉权、申请劳动仲裁等），用人单位不能因此扣工资。比如，员工因参加工会活动请假，公司不能以此为由扣除其工资。
- 超出合理范围的扣工资
- 即使存在合法理由扣工资，如果扣减后的工资低于当地最低工资标准，也是不合法的。用人单位必须确保支付给劳动者的工资不低于当地政府规定的最低工资标准。例如，员工当月工资为3000元，因给公司造成经济损失需赔偿，但按照规定扣除赔偿后剩余工资不得低于当地最低工资标准2000元，若公司扣除后剩余工资低于2000元，则属于非法扣除。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
应对建议
如果你遇到单位扣除全部工资的情况，首先可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除全部工资的理由并提供相应的依据。如果沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁委员会介入调解与仲裁，以维护自身的合法权益。
如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。