结论前置：违法合同的罚款是否可以从收入里扣除，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同主体为平等民事主体间的违法合同
   根据《民法典》及相关司法解释，若合同因违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗被认定无效，合同中约定的“罚款”条款通常也会被认定为无效。此时，罚款无法通过合法途径从收入中扣除，且若一方已实际支付罚款，可依据《民法典》第一百五十七条要求返还，除非该罚款属于因合同无效造成的实际损失（如对方因履行合同产生的合理费用），且需按过错比例分担。

2. 合同涉及行政处罚或刑事罚金
   若“罚款”实际为行政机关对违法行为的处罚（如市场监管部门对合同欺诈的罚款），或法院判决的刑事罚金，则属于公法范畴的处罚，与合同收入无关。此类罚款需通过行政强制执行或刑事执行程序缴纳，不可从收入中直接扣除，但若个人收入被纳入执行范围（如银行账户冻结、工资扣划），则可能间接影响收入分配。

3. 合同中约定违约金与罚款的区分
   若合同中实际约定的是“违约金”而非“罚款”，且违约金金额未超过实际损失的30%（根据《民法典》第五百八十五条），则违约金可视为合法损失补偿，可从收入中支付。但若违约金过高，对方可请求法院或仲裁机构予以调减。

温馨提示：合同效力及条款合法性需结合具体条款内容、合同目的及行业规范综合判断。若您遇到类似问题，建议提供合同文本及具体情境，以便进一步分析。