针对您提出的“虚开发票已经缴纳的税款怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，虚开发票是一种严重的违法行为，它不仅违反了税收法律法规，还可能对企业的信誉和经营造成不利影响。因此，对于已经缴纳的税款，其处理方式需结合虚开发票的具体情况及法律后果来综合考量。
一、法律责任与税款处理
行政责任：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票将面临税务机关的行政处罚，包括没收违法所得和罚款。罚款的金额根据虚开金额的大小而定，虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
- 在此情况下，即使已经缴纳了税款，但由于虚开发票的行为本身违法，已缴纳的税款并不能作为免除行政处罚的理由。税务机关在处罚时，会依法没收违法所得（如果有的话），并处以相应的罚款。
刑事责任：
- 若虚开发票行为构成犯罪，将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行刑事处罚。这包括虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，以及虚开普通发票等不同情形，刑罚的轻重根据虚开税款数额的大小和情节的严重程度而定。
- 在刑事处罚的框架下，已缴纳的税款同样不能作为免除刑事处罚的依据。刑事处罚的目的是惩罚犯罪行为，保护社会公共利益，因此，即使税款已缴纳，犯罪者仍需承担相应的刑事责任。
二、已缴纳税款的具体处理
补缴与调整：
- 如果虚开发票导致税款缴纳不足或错误，企业或个人应主动向税务机关申报并补缴正确的税款，同时调整相关账务，以确保税务合规。
- 在此过程中，税务机关可能会要求提供相关的证明材料和解释说明，以核实补缴税款的准确性和合理性。
税务机关的处理：
- 税务机关在发现虚开发票行为后，会依法进行调查和处理。对于已缴纳的税款，税务机关会将其纳入考虑范围，但主要关注的是虚开发票行为的违法性和应承担的法律责任。
- 税务机关可能会根据虚开发票的具体情况，决定是否对已缴纳的税款进行进一步的调整或处理，如要求重新申报、补缴税款或加收滞纳金等。
三、企业应对措施与建议
内部自查与整改：
- 企业应定期开展发票使用情况的自查工作，确保发票的开具、取得、保管等环节符合法律法规要求。发现问题及时整改，包括补缴税款、调整账务等。
加强员工培训与合规意识：
- 通过组织培训、学习等方式，提高员工对发票管理相关法律法规的认识和理解，增强员工的合规意识和法律意识，避免类似问题的再次发生。
配合税务机关调查与处理：
- 在面临税务机关检查或调查时，企业应积极配合，如实提供相关资料和信息，不得隐瞒、拒绝或阻挠。同时，主动说明已缴纳税款的情况，并按照税务机关的要求进行处理。
综上所述，对于虚开发票已经缴纳的税款，其处理方式需结合虚开发票的具体情况及法律后果来综合考量。企业和个人应严格遵守税收法律法规，加强内部管理，防范法律风险。同时，税务机关也应加强监管力度，严厉打击虚开发票行为，维护税收秩序和公平竞争的市场环境。