行政机关在行政处罚结束后，确实有可能将案件移交司法机关，但这并非绝对，而是取决于案件的具体性质、严重程度以及后续调查中发现的新证据等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、行政处罚与刑事处罚的区别与联系
行政处罚是行政机关对违反行政管理秩序但尚未构成犯罪的公民、法人或其他组织给予的行政制裁，如罚款、没收违法所得、责令停产停业等。而刑事处罚则是司法机关对犯罪行为实施的制裁，包括有期徒刑、无期徒刑、罚金等。两者性质不同，针对的违法行为程度也不同。然而，当行政机关在执法过程中发现违法行为涉嫌犯罪时，应当按照规定的程序将案件移送司法机关处理，这是行政执法与刑事司法衔接的重要环节。
二、行政处罚后移交司法机关的具体情形
行政处罚时未发现涉嫌犯罪，但后续调查发现：
- 在某些情况下，行政机关在作出行政处罚决定时可能并未发现该违法行为实际上已经达到了刑事犯罪的标准。例如，在市场监管领域，对于销售假冒伪劣产品的行为，行政机关起初可能仅依据部分证据对商家作出行政处罚。但后续进一步调查或通过其他渠道发现该商家销售假冒伪劣产品的金额巨大，达到了生产、销售伪劣产品罪的立案标准，此时行政机关需将案件移送公安机关，进而可能移交检察院审查起诉。
“以罚代刑”的纠正：
- 实践中存在个别行政机关出于各种原因，对本应追究刑事责任的案件仅作出行政处罚，即“以罚代刑”。如果后续被发现或被纠正，案件依然会被移交司法机关处理。例如，环保部门对一家企业的污染环境行为进行了行政处罚，但上级部门在检查中发现该企业的污染行为已经造成了严重的生态破坏，符合污染环境罪的构成要件，那么该案件就会被移送公安机关，并可能进一步移交检察院。
行政处罚后发现新证据：
- 在行政处罚执行完毕后，如果行政机关或其他有关部门发现了新的证据，证明当事人的行为已经构成犯罪，同样需要将案件移送司法机关处理。这体现了法律对于违法行为追究的严肃性和全面性。
涉及其他刑事案件：
- 如果当事人的违法行为与其他正在侦查或审理的刑事案件有关联，为了全面查清案件事实，行政机关也可能会将案件移送司法机关并案处理。这有助于确保案件的完整性和公正性。
三、法律建议与风险提示
对于行政机关：
- 在执法过程中，应严格遵循法律法规，及时与司法机关沟通协作，确保案件得到妥善处理。对于涉嫌犯罪的案件，应及时移送司法机关，不得以罚代刑。
对于企业和个人：
- 应增强法律意识，遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。若面临行政处罚或刑事追究，应积极配合调查处理，维护自身合法权益。同时，也要警惕行政机关可能存在的“以罚代刑”行为，如发现此类情况，可及时向相关部门举报或寻求法律帮助。
综上所述，行政处罚后案件是否会被移交司法机关并没有一个固定的答案，而是需要根据具体的案件情况、违法行为的性质以及相关法律法规的规定来判断。如果您对此有进一步的疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更准确的解答和帮助。