结论：商家在遇到职业打假人怀疑商品被掉包时，不能简单地选择不承认，而应当根据实际情况，采取合理合法的措施来应对。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、商家应对策略的法律依据
证据收集与保存：
- 商家在面临此类纠纷时，首先应当收集并保存所有与交易相关的证据，包括但不限于销售记录、监控录像、商品照片、包装情况等。这些证据将有助于商家在后续的法律程序中证明自己的清白，或至少证明商品在出售时并未被掉包。
合法合规经营：
- 商家应确保自己的经营活动完全符合相关法律法规的要求，包括但不限于商品的质量标准、标签标识、广告宣传等。只有合法合规的经营行为，才能在法律上站得住脚，有效抵御职业打假人的无理诉求。
二、商家不承认的潜在风险
法律风险：
- 如果商家在没有充分证据的情况下选择不承认商品被掉包，而实际上商品确实存在问题或被掉包，那么商家可能面临法律上的不利后果，包括但不限于赔偿损失、承担行政处罚等。
声誉风险：
- 在社交媒体和互联网高度发达的今天，商家的声誉对其经营至关重要。如果商家被公众认为是不诚信的，那么其声誉将受到严重损害，进而影响其业务发展和客户信任。
三、商家应对职业打假人的具体建议
积极沟通：
- 商家在遇到职业打假人时，应首先尝试与对方进行积极沟通，了解对方的具体诉求和证据。通过沟通，商家可以更好地了解情况，为后续的应对措施提供依据。
寻求法律帮助：
- 如果商家认为职业打假人的诉求无理或存在恶意，那么商家应当及时寻求法律帮助，包括咨询专业律师或向相关行政部门投诉。法律专业人士将能够为商家提供专业的法律意见和应对策略。
配合调查：
- 如果相关行政部门或司法机关介入调查，商家应当积极配合，提供所有相关证据和资料。通过配合调查，商家可以展示自己的诚信和合作态度，有助于维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的应对策略
如果商家确实存在过错：
- 如果商家在经营过程中确实存在过错或疏忽，导致商品出现问题或被掉包，那么商家应当勇于承担责任，积极与消费者协商解决。通过诚恳的态度和积极的行动，商家可以赢得消费者的谅解和信任，减少损失和负面影响。
如果商家被恶意诬陷：
- 如果商家被职业打假人恶意诬陷或敲诈勒索，那么商家应当坚决维护自己的合法权益，通过法律途径追究对方的法律责任。在这种情况下，商家需要保留好所有相关证据，以便在法律程序中证明自己的清白。
最后，作为商家，在面对职业打假人时，应当保持冷静和理性，不要轻易选择不承认或逃避责任。而是应当根据实际情况，采取合理合法的措施来应对，以维护自己的合法权益和声誉。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。