对于农村自建房申请收取大量费用是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
合法收费的情况：
- 行政事业性收费：在农村自建房申请过程中，如果涉及行政事业性收费，如土地登记费、规划许可证工本费等，这些费用通常是由政府相关部门依法收取的，且收费标准有明确的法律规定。只要收费项目符合法律法规，且收费标准未超出法定范围，那么收取费用就是合法的。
- 服务性收费：如果申请过程中需要第三方机构提供服务，如测绘、评估等，这些服务可能会产生一定的费用。只要这些服务是自愿选择的，且收费标准合理透明，那么收取费用也是合法的。
非法收费的情况：
- 无依据收费：如果相关部门或个人在没有法律依据的情况下，擅自对农村自建房申请收取费用，或者收费项目与法律法规不符，那么这种收费就是非法的。
- 超标准收费：即使收费项目有法律依据，但如果收费标准超出了法定范围，或者存在乱收费、搭车收费等行为，那么这种收费也是非法的。
- 强制收费：如果相关部门或个人以强制手段要求申请人缴纳费用，或者将缴费作为审批的前提条件，那么这种收费行为同样是非法的。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，农村自建房的申请和审批应当遵循法定程序，且不得乱收费。对于非法收费行为，申请人有权拒绝缴纳，并可以向相关部门投诉举报。
- 建议：
- 在申请农村自建房前，建议申请人先了解当地的法律法规和政策规定，明确申请流程和收费标准。
- 如果遇到非法收费行为，申请人应当保持冷静，不要轻易缴纳费用，并及时向当地政府或相关部门投诉举报。
- 申请人还可以咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径，以便在必要时采取法律手段维护自己的权益。
可能的法律后果：
- 对于非法收费行为，相关部门或个人可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 如果非法收费行为构成犯罪，如贪污受贿、滥用职权等，那么相关责任人还可能面临刑事追究。
总结：农村自建房申请收取大量费用是否合法，取决于收费项目是否符合法律法规、收费标准是否合理透明以及是否存在强制收费等行为。申请人应当了解相关法律法规和政策规定，明确自己的合法权益和维权途径，以便在必要时采取法律手段维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。