结论：老板是否需要赔偿因自身原因导致手机被有关部门收走所造成的损失，需根据具体情况来判断，包括老板的行为性质、是否存在过错以及该行为与手机被收走之间的因果关系等。以下从不同角度进行分析：
一、老板行为性质与过错判断
合法行为且无过错：
- 如果老板的行为是合法的，且没有过错，例如因工作需要暂时保管员工手机，并按照规定程序交由有关部门检查（如涉及安全检查、调查取证等），且在此过程中没有造成手机损坏或丢失，那么老板通常不需要承担赔偿责任。
违法行为或存在过错：
- 如果老板的行为是违法的，或者存在过错，例如未经员工同意擅自拿走手机，或者因保管不善导致手机丢失、损坏，或者将手机用于非法目的等，那么老板可能需要承担相应的赔偿责任。
二、因果关系判断
直接因果关系：
- 如果老板的行为直接导致手机被有关部门收走，且该行为是违法的或存在过错，那么老板很可能需要承担赔偿责任。例如，老板因涉嫌违法犯罪活动而被有关部门调查，手机作为证据被收走，且该活动与老板的指示或行为直接相关。
间接因果关系或无因果关系：
- 如果老板的行为与手机被收走之间只有间接的因果关系，或者没有因果关系，那么老板可能不需要承担赔偿责任。例如，员工因个人原因（如违反交通规则）被有关部门处罚，手机作为个人物品被暂时扣留，这与老板的行为无关。
三、具体情境分析
工作相关情境：
- 如果手机被收走与工作相关，例如因工作需要携带手机进入特定区域而被要求暂时存放，且该要求是合理的、合法的，那么老板通常不需要承担赔偿责任。但如果老板要求员工携带手机进入非法区域或进行非法活动，导致手机被收走，那么老板可能需要承担赔偿责任。
个人行为情境：
- 如果手机被收走是由于员工的个人行为导致的，例如员工因个人原因违反法律法规而被处罚，手机作为个人物品被扣留，那么这与老板无关，老板不需要承担赔偿责任。但如果老板对员工的个人行为有过错或指示，且该行为导致手机被收走，那么老板可能需要承担一定的责任。
四、法律建议
收集证据：
- 如果员工认为老板需要承担赔偿责任，应首先收集相关证据，包括老板的行为记录、手机被收走的证明、损失评估等。
协商解决：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与老板进行协商，寻求合理的赔偿方案。
法律途径：
- 如果协商无果，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益，例如向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
总结：老板是否需要赔偿因自身原因导致手机被有关部门收走所造成的损失，需根据具体情况来判断。如果老板的行为是合法的且无过错，或者与手机被收走之间没有因果关系，那么老板通常不需要承担赔偿责任。反之，如果老板的行为违法或存在过错，且与手机被收走之间存在直接因果关系，那么老板可能需要承担相应的赔偿责任。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。