农业设施用地转用缴纳复垦保证金是否合法，需分情况讨论：

1. 若当地政策或法规明确规定需缴纳复垦保证金：

   • 在这种情况下，缴纳复垦保证金是合法的。因为地方政策或法规可能基于土地保护、生态恢复等考虑，对农业设施用地转用设定了特定的条件或要求，其中就可能包括缴纳复垦保证金。这一保证金旨在确保转用后的土地能够得到妥善复垦，防止土地资源的浪费和破坏。
   • 法律依据：虽然直接的全国性法规可能并未明确提及农业设施用地转用需缴纳复垦保证金，但地方性法规或政策可能根据当地实际情况制定了相关规定。这些规定在符合上位法（如《土地管理法》等）的前提下，具有法律效力。

2. 若当地政策或法规未明确规定需缴纳复垦保证金：

   • 在这种情况下，要求缴纳复垦保证金可能缺乏直接的法律依据，因此其合法性存疑。当然，这并不意味着完全不能收取，而是需要看是否有其他合法的依据或理由，如双方合同中的约定等。
   • 合同约定：如果农业设施用地转用的双方在合同中明确约定了缴纳复垦保证金的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款是有效的，双方应当履行。但这种情况下，保证金的合法性是基于合同约定，而非直接的法规规定。
   • 潜在风险：如果既无地方政策或法规的明确规定，又无双方合同的明确约定，而要求缴纳复垦保证金，则可能面临被认定为不合法的风险。此时，相关方有权拒绝缴纳，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于农业设施用地转用的相关方来说，首先应当了解并遵守当地关于土地转用的政策或法规，特别是关于复垦保证金的规定。
• 如果当地政策或法规未明确规定，但双方有意在合同中约定缴纳复垦保证金，应当确保该条款的合法性和合理性，并明确保证金的缴纳、使用、退还等具体事项。
• 在遇到复垦保证金相关争议时，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果违反当地政策或法规关于复垦保证金的规定，可能面临行政处罚、土地复垦责任等法律后果。
• 如果因复垦保证金问题引发合同纠纷，可能面临诉讼、仲裁等法律程序，以及相应的民事责任。

如有更多关于农业设施用地转用或复垦保证金的具体问题，欢迎直接向我咨询。