农用地转建设用地缴纳费用本身并不直接等同于合法，合法性取决于是否符合法定程序和条件。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法性判断的核心要素
法定程序：
- 农用地转为建设用地，必须依照法定程序进行审批。这通常包括土地利用总体规划的调整、土地用途变更的审批、以及可能涉及的征地补偿安置等程序。
- 未经依法批准，擅自将农用地转为建设用地，即使缴纳了费用，也是违法的。
缴纳费用的性质：
- 缴纳的费用可能是土地出让金、耕地占用税、新增建设用地土地有偿使用费等，这些费用的缴纳是土地转用过程中的一个环节，但并非合法性的决定性因素。
- 费用的缴纳必须基于合法的土地转用审批，否则，即使缴纳了费用，也不能使非法的土地转用行为变得合法。
土地用途的合规性：
- 农用地转为建设用地后，必须按照批准的土地用途进行使用。如果擅自改变土地用途，即使缴纳了费用，也是违法的。
二、合法与违法的具体情形
合法情形：
- 农用地转为建设用地，已经依法获得审批，且按照批准的土地用途进行使用。
- 在转用过程中，依法缴纳了相关费用，如土地出让金、耕地占用税等。
违法情形：
- 未经依法批准，擅自将农用地转为建设用地。
- 虽然获得了审批，但擅自改变土地用途。
- 未依法缴纳相关费用，或者缴纳的费用不符合规定。
三、法律后果
行政处罚：
- 对于违法的农用地转建设用地行为，相关部门可以依法给予行政处罚，如罚款、责令恢复土地原状等。
刑事责任：
- 在严重情况下，如非法占用农用地数量较大或者造成农用地大量毁坏的，可能构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
四、建议与注意事项
严格遵守法定程序：
- 在农用地转为建设用地的过程中，必须严格遵守法定程序，确保每一步都合法合规。
及时咨询专业律师：
- 由于土地转用涉及复杂的法律程序和规定，建议在进行土地转用前及时咨询专业律师，以确保行为的合法性。
保留相关证据：
- 在土地转用过程中，应保留好相关证据，如审批文件、缴费凭证等，以备不时之需。
总结来说，农用地转建设用地缴纳费用本身并不直接决定合法性，关键在于是否符合法定程序和条件。因此，在进行土地转用时，务必确保每一步都合法合规，并及时咨询专业律师以获取专业指导。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。