您有权不确认非真实合同作为发票额度申请的依据，且从法律和合规角度，您应当拒绝确认。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律合规性角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。若上游企业上传虚假合同申请发票额度，属于虚开发票的违法行为（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开四种情形）。您作为合同相对方，若确认虚假合同，可能被认定为共同参与虚开发票行为，面临税务机关的行政处罚（如罚款、没收违法所得），情节严重者可能构成《刑法》第二百零五条规定的虚开增值税专用发票罪，承担刑事责任。

2. 合同效力角度
   虚假合同因缺乏真实意思表示，属于《民法典》第一百四十三条规定的无效民事法律行为。您若签署确认，合同自始无效，但您的确认行为可能被认定为对虚假意思表示的追认，导致您需承担合同无效后的过错赔偿责任（如因合同无效给第三方造成损失的连带赔偿）。此外，若上游企业以虚假合同骗取您财物，可能构成合同诈骗罪，您作为被害人需及时向公安机关报案。

3. 企业内控与风险防范角度
   从企业合规管理角度，您有义务对上游企业提供的材料进行形式审查（如核对合同主体、标的、金额等关键条款是否与实际业务一致）。若发现合同异常（如公章与备案不符、签字人无授权、条款逻辑矛盾等），应立即拒绝确认并留存证据（如书面异议函、沟通记录）。若因您未履行审查义务导致企业损失，可能需承担内部管理责任。

建议行动步骤：

1. 立即书面告知上游企业“因合同真实性存疑，暂不予确认”，并留存送达证据（如邮件、快递回执）；
   
2. 核查自身与上游企业的历史交易记录、资金往来、物流单据等，确认是否存在实际业务关系；
   
3. 若上游企业坚持使用虚假合同，向企业法务部门或管理层汇报风险，必要时向税务机关举报（可通过税务局官网或12366热线匿名举报）；
   
4. 若已因确认虚假合同遭受损失（如被税务机关处罚、第三方索赔），收集证据后通过诉讼或仲裁追究上游企业责任。
   

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我提问，我将结合您所在行业、合同类型等细节提供针对性建议。