在开庭时是一个法官和一个书记员，但出具判决书时落款有法官助理的名字，这种情况是合法的。以下从多个角度进行分析说明：
法律依据与审判实践
法官助理的职责与定位：
- 根据《中华人民共和国人民法院组织法》及相关司法解释，法官助理在法官的指导下，可以协助法官进行案件的调查、调解、证据交换、庭审记录、草拟法律文书等工作。法官助理的参与，旨在提高审判效率，减轻法官的工作负担，确保案件得到及时、公正的处理。
判决书落款与审判组织：
- 判决书的落款通常包括审判长、审判员（或独任审判员）的姓名，这是为了体现审判的公开性和权威性。然而，在审判实践中，法官助理虽然不直接参与判决的作出，但其在案件审理过程中的辅助工作对于判决的形成具有重要影响。因此，在判决书上署名法官助理，既是对其工作的认可，也是审判透明度的一种体现。不过，正式的法律文书如判决书，其最终署名仍应以审判组织成员（即法官）为准，法官助理的署名通常不会出现在判决书的正式落款中，但可能在文书的制作、校对等环节有相关记录或说明。您所描述的情况，若法官助理名字出现在非正式落款部分（如文末附注、校对栏等），或特定法院有内部规定允许在特定情况下署名，则可能属于合法且合理的操作。
审判程序的合法性：
- 审判程序的合法性不仅取决于审判组织的构成，还取决于整个审判过程是否遵循了法定程序。只要开庭时审判组织（如独任审判员或合议庭）的组成符合法律规定，且整个审判过程遵循了法定程序，那么即使判决书上出现了法官助理的名字（在符合内部规定或惯例的前提下），也不影响审判程序的合法性。
特殊情况与注意事项
内部规定与惯例：
- 不同法院可能有不同的内部规定或惯例，关于法官助理在判决书上的署名问题。有些法院可能允许在判决书上以特定方式（如附注）注明法官助理的参与情况，以体现审判的透明度和公正性。因此，在判断这种情况是否合法时，还需要考虑具体法院的内部规定或惯例。
避免误导与混淆：
- 尽管法官助理的参与是合法的，但为了避免误导当事人或造成混淆，法院在制作判决书时应当谨慎处理法官助理的署名问题。正式判决书的落款应严格遵循法律规定，仅包含审判组织成员的姓名。如果需要在判决书中提及法官助理的参与，可以通过其他方式（如附注、说明等）进行，以确保判决书的严肃性和权威性。
总结与建议：
- 在大多数情况下，判决书上正式落款应仅包含审判组织成员的姓名，法官助理的名字不会出现在此部分。但若您所描述的情况中，法官助理名字出现在非正式落款或特定法院有内部规定允许署名，则可能属于合法操作。
- 如果您对判决书的落款有疑问或认为存在不当之处，建议首先查阅相关法律法规和法院的内部规定，以了解具体情况。
- 若仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。