针对您提出的“行政机关对超过国家赔偿时效的申请如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确国家赔偿的时效规定。根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，赔偿请求人应在知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起两年内，向赔偿义务机关提出赔偿请求。这里需要注意的是，被羁押等限制人身自由期间是不计算在时效内的。

当赔偿申请超过时效时，行政机关（即赔偿义务机关）通常会面临如何处理的抉择。从法律层面讲，超过时效的申请可能无法直接获得赔偿，但这并不意味着完全无法寻求救济。以下是一些可能的处理方式和建议：

1. 审查时效情况：

   • 行政机关在收到赔偿申请后，首先会审查申请是否超过时效。这包括确认申请人知道或应当知道侵权行为的时间，以及是否存在时效中断或中止的合理事由。例如，如果申请人在时效进行期间曾向赔偿义务机关提出过赔偿请求，或者因不可抗力等原因无法行使请求权，时效可能会中断或中止。

2. 与申请人沟通：

   • 即使申请超过时效，行政机关也应主动与申请人进行沟通，了解其超时效的具体原因和情况。如果申请人能够证明存在正当理由未能及时申请赔偿，如遭受重大自然灾害、突发严重疾病等不可抗力因素，或对法律规定的误解等正当原因，行政机关可能会基于公平合理原则，对申请人的请求给予考虑。

3. 法律救济途径：

   • 如果行政机关以时效为由不予受理赔偿申请，申请人仍享有法律救济途径。根据法律规定，申请人可以在赔偿义务机关作出不予受理决定之日起，或赔偿义务机关逾期未作出决定的三十日内，向其上一级机关申请复议。对复议决定不服，或复议机关逾期不作决定的，还可以向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。在这些后续程序中，申请人应详细阐述超时效的合理原因及赔偿请求的正当性。

4. 专业咨询与帮助：

   • 鉴于每个案件的具体情况不同，且涉及复杂的法律问题，我强烈建议您尽快咨询专业的法律人士或机构。专业律师能够根据案件的具体情况和法律法规，为您提供针对性的法律建议和帮助，制定最合适的解决方案，以最大程度地维护您的合法权益。

综上所述，虽然超过国家赔偿时效可能会增加获得赔偿的难度，但并非完全没有希望。通过仔细审查时效情况、与行政机关沟通、运用法律救济途径以及寻求专业法律咨询，您仍有可能争取到应有的赔偿。因此，面对此类问题时应保持冷静，及时采取行动并寻求专业帮助。