核心结论：员工离职但个税没减员被申诉，企业应积极配合税务机关调查，及时更正申报信息，并妥善处理与离职员工的沟通事宜，以避免法律风险。以下是具体分析和建议：

一、法律责任分析

1. 企业责任：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，企业作为扣缴义务人，有义务在员工离职时及时办理个税减员手续，确保申报信息的准确性。若因企业未及时办理减员手续导致员工被多扣税款或产生其他税务问题，企业可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。

2. 员工权益：员工有权要求企业及时办理个税减员手续，确保自己的税务权益不受侵害。若因企业未及时办理减员手续导致员工遭受损失，员工有权向企业追偿。

二、应对措施

1. 立即更正申报信息：企业一旦发现个税未减员的情况，应立即登录税务系统，更正申报信息，将离职员工从个税申报名单中移除。

2. 配合税务机关调查：若员工已向税务机关申诉，企业应积极配合税务机关的调查工作，提供相关证据材料，如离职证明、工资发放记录等，以证明企业已及时与员工解除劳动关系，并解释未及时办理减员手续的原因。

3. 与离职员工沟通：企业应主动与离职员工沟通，解释情况，并承诺尽快更正申报信息。若因企业未及时办理减员手续导致员工遭受损失，企业应与员工协商赔偿事宜，以达成和解。

三、预防措施

1. 建立完善的离职流程：企业应建立完善的离职流程，明确各部门在员工离职时的职责和操作步骤，确保个税减员等税务手续能够及时办理。

2. 加强税务培训：企业应定期对财务人员进行税务培训，提高其对税务法规的理解和执行能力，避免因操作不当导致税务问题。

3. 定期自查：企业应定期对个税申报情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题，确保申报信息的准确性。

四、法律后果及应对

若企业未及时更正申报信息或拒绝配合税务机关调查，可能面临更严重的法律后果，包括但不限于被税务机关处以更严厉的罚款、列入税务黑名单等。因此，企业应高度重视此类问题，积极采取措施予以解决。

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