当仲裁条款无效后，双方对管辖权的争议，通常需要根据相关法律规定来确定管辖法院或仲裁机构，以下从不同角度进行分析：
一般原则：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议应当具有选定的仲裁委员会，且仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力（但本题中仲裁条款已无效，故不适用此条关于仲裁协议独立性的部分）。仲裁条款无效后，若双方未就争议解决方式达成新的协议，则应依据民事诉讼法的相关规定确定管辖法院。
- 在民事诉讼中，管辖法院的确定通常遵循“原告就被告”的原则，即被告住所地法院有管辖权。若合同有约定履行地，且争议与合同履行有关，则合同履行地法院也有管辖权。
具体情形分析：
若双方未就争议解决方式达成新协议：
- 此时，应依据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于管辖的规定来确定管辖法院。例如，若争议涉及合同纠纷，且合同中有约定履行地，则合同履行地法院和被告住所地法院均有管辖权。若合同未约定履行地或约定不明确，则根据合同性质、交易习惯等因素综合判断履行地，进而确定管辖法院。
- 若争议不涉及合同，而是涉及侵权等民事纠纷，则通常根据侵权行为地或被告住所地来确定管辖法院。
若双方就争议解决方式达成了新协议：
- 若双方在仲裁条款无效后，又达成了新的仲裁协议，且该协议符合仲裁法的相关规定（如选定了明确的仲裁委员会），则双方应依据新协议将争议提交仲裁解决。
- 若双方达成了新的诉讼管辖协议，即约定了具体的管辖法院，且该协议不违反级别管辖和专属管辖的规定，则双方应依据新协议向约定的法院提起诉讼。
法律后果与建议：
- 法律后果：若双方对管辖权存在争议，且无法协商解决，则可能面临诉讼或仲裁程序被驳回的风险。例如，若一方错误地向无管辖权的法院提起诉讼，则法院可能裁定不予受理或驳回起诉；若一方错误地向无管辖权的仲裁机构申请仲裁，则仲裁机构可能不予受理或作出无效裁决。
- 建议：在仲裁条款无效后，双方应尽快就争议解决方式达成新的协议，以避免管辖权争议。若无法达成新协议，则应依据相关法律规定，结合争议性质、合同履行地、被告住所地等因素，合理确定管辖法院或仲裁机构。同时，在提起诉讼或申请仲裁前，应仔细审查相关法律规定和协议条款，确保程序合法、有效。
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