在收到支付令后已还款的情况下，对方（债权人）通常应采取以下处理方式：

1. 确认收款并终结程序
   根据《民事诉讼法》第216条，债务人收到支付令后，若在15日内清偿债务，支付令即自动失效。债权人收到还款后，应立即向法院提交《终结支付令程序申请书》，并附还款凭证（如转账记录、收条等），法院审查后会裁定终结督促程序。此步骤可避免程序继续推进对双方造成不必要的法律负担。

2. 返还多余款项或协商处理
   若还款金额超过支付令载明的债务本金、利息及诉讼费用总和，债权人应在确认收款后3日内将超额部分返还债务人。若双方对还款金额存在争议（如利息计算方式），可协商签订《债务清偿确认书》，明确无其他纠纷后终结程序。

3. 特殊情形处理

   • 部分还款：若债务人仅偿还部分款项，债权人可选择接受并申请终结程序（剩余债务需另行起诉），或拒绝并申请法院强制执行支付令剩余金额。
     
   • 还款凭证瑕疵：若债务人以现金还款但未取得收条，债权人可能否认收款事实。此时债务人可申请法院调取银行监控、证人证言等证据，或通过“执行异议之诉”主张权利。
     
   • 支付令错误：若债务人发现支付令存在“债权债务关系不明确”“金额计算错误”等法定撤销情形（依据《民事诉讼法》第217条），可在还款后15日内向作出支付令的法院提出书面异议，法院将裁定终结督促程序并转入诉讼程序。

实务建议：

• 债务人还款后应要求债权人出具加盖公章的《收款确认书》，并留存转账凭证原件；
  
• 债权人收到还款后未及时终结程序的，债务人可主动联系法院提交还款证明，避免程序空转；
  
• 若双方对还款金额或程序终结存在争议，建议委托律师介入处理，通过法律文书固定证据链，降低后续诉讼风险。
  

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