债务人偿还债务后，应向法院申请支付令失效，并保留好还款证据。下面我会详细分析这一流程及相关法律依据：

一. 申请支付令失效

1. 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，债务人在支付令生效前偿还债务的，可以向法院提出支付令失效的申请。这是因为支付令的主要目的是督促债务人履行债务，一旦债务已经履行，支付令就失去了存在的意义。
2. 操作流程：债务人需要向法院提交书面的支付令失效申请，并附上还款的相关证据，如转账记录、收据等，以证明债务已经得到履行。

二. 保留还款证据

1. 重要性：即使债务已经偿还，保留好还款证据仍然非常重要。这是因为在后续可能出现的任何纠纷中，这些证据都能作为债务人已经履行债务的有力证明。
2. 具体做法：债务人应妥善保管好所有与还款相关的文件、记录或凭证，如银行转账凭证、现金收据、电子支付记录等。

三. 后续注意事项

1. 确认支付令失效：在提交支付令失效申请后，债务人应及时与法院联系，确认支付令是否已经失效。
2. 关注信用记录：如果债务偿还与信用记录相关，债务人还应关注自己的信用报告，确保债务偿还信息被正确记录。

我建议，债务人在偿还债务后，务必按照上述流程向法院申请支付令失效，并妥善保留好所有还款证据。这样做不仅能确保自己的权益得到保护，还能避免后续可能出现的任何不必要的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。