关于父亲留下的公司两个儿子如何分配的问题，这主要取决于父亲是否留下了合法有效的遗嘱，以及公司的性质和具体情况。以下分情况详细说明：

1. 若父亲留下了合法有效的遗嘱：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，遗嘱继承优先于法定继承。如果父亲在遗嘱中明确指定了公司的分配方式，比如将公司股权或资产按照一定比例分配给两个儿子，那么应当按照遗嘱的内容进行分配。
   • 在这种情况下，两个儿子需要遵循遗嘱的指示，办理相关的继承手续，如股权过户、资产转移等。

2. 若父亲未留下遗嘱或遗嘱无效：

   • 根据法定继承的规定，两个儿子作为第一顺序继承人，有权平等地继承父亲的遗产，包括公司股权或资产。
   • 在实际操作中，两个儿子可以协商确定公司的分配方式，比如一方继承公司股权，另一方获得相应的经济补偿；或者双方共同继承公司股权，成为公司的共同股东。
   • 如果双方无法达成一致意见，可以通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼，由法院根据具体情况判决公司的分配方式。

3. 考虑公司的性质和具体情况：

   • 如果公司是有限责任公司或股份有限公司，且存在其他股东，那么公司的分配可能受到公司章程、股东协议以及公司法等相关法律法规的约束。在这种情况下，两个儿子需要与其他股东协商，确保公司的分配符合法律法规和公司章程的规定。
   • 如果公司是家族企业或个人独资企业，那么分配方式可能更加灵活，但也需要考虑企业的持续经营和家族关系的和谐稳定。

建议：

• 在处理父亲留下的公司分配问题时，建议两个儿子首先尝试通过协商达成一致意见，以维护家族关系的和谐稳定。
• 如果协商无果，可以寻求专业的法律帮助，了解具体的法律程序和规定，确保分配过程的合法性和公正性。
• 在处理过程中，还需要考虑公司的经营状况、市场前景以及两个儿子的个人意愿和能力等因素，以做出最合理的分配决策。

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