结论前置：在法定节假日，单位安排劳动者加班的，不能仅以调休方式替代支付加班费，而应按照法律规定支付不低于工资百分之三百的工资报酬。不过，特殊行业或情况下存在灵活处理的可能，但需满足特定条件并经过批准。
一般情况下的法律要求
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定节假日安排劳动者工作的，用人单位必须支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定是为了保障劳动者在法定节假日的休息权利，以及因加班而应获得的相应经济补偿。因此，在一般情况下，用人单位不能以调休来替代支付法定节假日的加班费。
特殊情况下的灵活处理
尽管有上述一般规定，但在某些特殊行业和特殊情况下，可能存在灵活的处理方式。例如，涉及公共利益、国家安全等特殊行业，由于工作性质的特殊性，可能无法严格按照法定标准支付加班工资。在这些特殊情况下，用人单位可能需要经过相关部门的批准或符合特定的政策规定，才能采取其他补偿或调休安排。然而，这并不改变法定的基本要求，即应确保劳动者的合法权益得到妥善保护。即便在特殊情况下，用人单位也需确保劳动者的基本权益不受损害，且调休或补偿方案需经过合法程序批准。
实际应用中的指导建议
对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保在法定节假日安排劳动者加班时，按照法律规定支付加班费，而不是试图通过调休来规避责任。如遇特殊行业或情况，应咨询相关部门或专业律师，了解具体的政策和规定，以确保合法合规地处理加班和调休问题。
对于劳动者：如遇到用人单位未按规定支付加班费或存在其他劳动权益纠纷，应及时向专业律师（如我）咨询，以维护自己的合法权益。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。
可能的法律后果
如果用人单位未按照法律规定支付法定节假日的加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。一旦查实，用人单位将面临支付加班费、赔偿金以及可能的行政处罚等法律后果。因此，用人单位应严格遵守相关法律法规，避免不必要的法律风险。
总结来说，法定节假日加班调休的合法性需根据具体情况来判断。在一般情况下，用人单位不能仅以调休替代支付加班费；特殊情况下虽有可能存在灵活处理，但需满足特定条件并经过批准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。