组织卖淫罪的从犯，如果最终被判处三年以下有期徒刑，是会留下案底的。以下是对此问题的详细分析：

一、组织卖淫罪从犯的量刑原则

根据《中华人民共和国刑法》第二十七条的规定，在共同犯罪中起次要或者辅助作用的，是从犯。对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。这意味着，从犯的量刑通常会相对于主犯更为轻缓。然而，这并不意味着从犯的量刑一定会低于三年有期徒刑，具体还需根据其在犯罪中的作用、情节等因素综合判定。

二、组织卖淫罪的基本量刑标准

根据《中华人民共和国刑法》第三百五十八条的规定，组织、强迫他人卖淫的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。这一规定为组织卖淫罪的基本量刑标准，从犯的量刑将在此基础上进行从轻、减轻或免除处罚的考量。

三、从犯可能判处三年以下有期徒刑的情形

尽管组织卖淫罪的基本量刑起点较高，但在某些特殊情况下，从犯仍有可能被判处三年以下有期徒刑。这些情形通常包括：

1. 犯罪情节显著轻微：如初犯且组织卖淫的人数极少、未造成明显社会危害等。在这种情况下，法院可能会认为从犯的犯罪情节显著轻微，从而对其判处较轻的刑罚。
2. 存在法定从轻或减轻处罚情节：包括自首、立功、犯罪中止、从犯等情节。这些情节的存在可以作为减轻处罚的依据，使从犯的量刑低于基本量刑标准。例如，如果从犯在犯罪过程中主动投案自首，并如实供述自己的罪行，法院可能会对其从轻或减轻处罚。

四、案底的相关规定

案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后留下的记录。根据我国法律的规定，一旦某人被法院判决有罪，无论其刑罚轻重，都会留下案底。这一记录将伴随其一生，并在某些情况下（如求职、升学、出国等）可能对其产生不利影响。

五、建议与指导

1. 了解法律后果：对于涉及组织卖淫罪的从犯来说，了解法律后果至关重要。他们应该清楚自己的行为可能带来的法律责任和刑罚，以便做出明智的决策。
2. 积极配合调查：如果涉嫌组织卖淫罪，从犯应积极配合警方的调查工作，如实供述自己的罪行和所知情况。这有助于法院更准确地认定犯罪事实和量刑情节，从而可能获得更轻的刑罚。
3. 寻求法律帮助：在面临法律问题时，从犯应寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为他们提供法律咨询、辩护和代理等服务，帮助他们维护自己的合法权益。

综上所述，组织卖淫罪的从犯如果最终被判处三年以下有期徒刑，是会留下案底的。因此，我建议涉及此类犯罪的人员要充分了解法律后果，积极配合调查工作，并在必要时寻求专业的法律帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。