针对您提出的“年休假公司规定只能分两次休是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，年休假的安排并非完全由公司单方面决定，而是需要依据相关法律法规，并结合职工本人的意愿和用人单位的实际情况来统筹安排。
一、年休假的法律依据
根据《职工带薪年休假条例》第五条的规定，单位应当根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。年休假可以在1个年度内集中安排，也可以分段安排，原则上不跨年度安排。这意味着，年休假的安排方式具有一定的灵活性，既可以选择集中休假，也可以选择分段休假。
二、公司规定只能分两次休的合法性分析
公司规定的合理性：公司规定年休假只能分两次休，这一规定本身并不直接违反法律法规。因为法律法规并未明确规定年休假必须分成多少次休，而是赋予了单位一定的统筹安排权。然而，这一规定是否合理，还需结合公司的实际情况和职工的需求来判断。
职工意愿的考虑：虽然公司有权统筹安排年休假，但这一安排应当充分考虑职工本人的意愿。如果职工希望将年休假分成更多次或更少次来休，而公司却强制规定只能分两次休，这可能在一定程度上侵犯了职工的休息权益。
特殊情况的处理：如果公司因生产、工作特点确实需要限制年休假的分段次数，那么应当与职工进行充分沟通，并尽可能提供合理的解释和补偿。例如，对于因工作原因无法分段休假的职工，公司可以考虑给予一定的经济补偿或调整其他福利待遇。
三、建议与解决方案
与公司沟通：如果您对公司规定的年休假分段次数有异议，建议首先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您的需求和想法。
了解公司政策：在沟通之前，您可以先了解公司的年休假政策以及相关的法律法规，以便更好地维护自己的权益。
寻求法律援助：如果沟通无果，且您认为公司的规定确实侵犯了您的合法权益，您可以考虑寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
综上所述，公司规定年休假只能分两次休并不直接违反法律法规，但这一规定是否合理还需结合公司的实际情况和职工的需求来判断。在安排年休假时，公司应当充分考虑职工本人的意愿，并尽可能提供合理的安排和补偿。如果您对此有异议，建议与公司进行沟通并寻求解决方案。