自建厂房在符合一定条件下是可以被查封的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、查封的法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，法院在执行过程中，有权对被执行人占有或登记在其名下的财产进行查封、扣押、冻结等措施。这包括但不限于房屋、土地、车辆、存款等财产。自建厂房，如果属于被执行人所有，且未被法律、行政法规规定为不得查封、扣押、冻结的财产，那么在符合执行条件的情况下，是可以被查封的。
二、自建厂房的产权归属
有产权证的自建厂房：如果自建厂房已经取得了相应的产权证书，如房产证，那么该厂房的产权归属明确，属于被执行人所有。在这种情况下，如果被执行人未履行生效法律文书确定的义务，法院有权对该厂房进行查封。
无产权证的自建厂房：对于没有产权证书的自建厂房，其产权归属可能存在争议。然而，即使没有产权证书，如果厂房是由被执行人实际占有并使用，且没有证据表明该厂房属于他人所有，法院在执行过程中也可能根据实际情况，结合其他证据，认定该厂房属于被执行人所有，并对其进行查封。但这种情况下的查封可能面临更多的法律争议和执行难度。
三、查封的条件与程序
查封条件：法院查封自建厂房，通常需要满足以下条件：一是被执行人未履行生效法律文书确定的义务；二是该厂房属于被执行人所有或实际占有；三是该厂房未被法律、行政法规规定为不得查封、扣押、冻结的财产。
查封程序：法院在查封自建厂房时，会依法制作查封裁定书，并送达被执行人。同时，法院还会将查封裁定书送达相关登记机关，要求其协助执行，不得办理该厂房的过户、抵押等手续。在查封期间，被执行人不得擅自处分该厂房，否则将承担相应的法律责任。
四、查封后的处理
拍卖变卖：如果被执行人在查封后仍未履行义务，法院有权依法对查封的厂房进行拍卖或变卖，以所得价款清偿债务。
解除查封：如果被执行人在查封后履行了义务，或者法院认为查封措施不再必要，可以依法解除查封，恢复厂房的正常使用和处分权。
五、特殊情况下的考虑
唯一住房：如果自建厂房是被执行人的唯一住房，且被执行人及其所扶养家属生活所必需的，法院在查封时可能会更加谨慎，并考虑提供其他住房或租金补贴等保障措施。但这种情况并不适用于所有自建厂房，而是需要根据具体情况进行判断。
经营场所：如果自建厂房是被执行人的主要经营场所，查封可能会对其生产经营造成严重影响。在这种情况下，法院可能会考虑采取其他执行措施，如冻结银行账户、限制高消费等，以平衡债权人和债务人的利益。
总结与建议：自建厂房在符合一定条件下是可以被查封的。如果你面临自建厂房被查封的情况，或者担心自建厂房可能被查封，建议及时咨询专业律师，了解相关法律规定和执行程序，以便更好地维护自己的合法权益。同时，也建议你在日常经营和生活中，遵守法律法规，履行生效法律文书确定的义务，避免不必要的法律风险。