工程施工安全罚款一般不能直接从暂结款中扣除，但具体能否扣除及扣除方式需依据合同约定和法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果施工合同中明确约定了安全罚款的支付方式和扣除条款，比如规定在发生安全事故或违规行为时，发包方有权从暂结款或工程进度款中直接扣除相应罚款，那么在这种情况下，安全罚款是可以从暂结款中扣除的。
- 如果合同中没有明确约定此类条款，那么发包方单方面从暂结款中扣除安全罚款可能构成违约行为，承包方有权要求发包方支付被扣除的款项，并可能要求发包方承担违约责任。
法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。如果合同中没有约定安全罚款的扣除方式，发包方不能擅自扣除承包方的暂结款。
- 如果发包方认为承包方存在违约行为或安全事故责任，应当通过合法途径进行索赔或追究责任，比如通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，而不是单方面扣除暂结款。
实际操作角度：
- 在实际工程施工过程中，为了避免类似纠纷的发生，建议发包方和承包方在合同中明确约定安全罚款的支付方式和扣除条款，以及争议解决的方式和程序。
- 如果发生安全事故或违规行为，双方应当及时沟通协商，按照合同约定和法律规定处理相关事宜，避免单方面行动导致纠纷升级。