核心结论：合同款被税务扣了，需先明确扣款原因，再根据不同情况采取相应措施，包括与税务机关沟通、补正材料、申请行政复议或提起行政诉讼等。以下是具体分析：

1. 明确扣款原因

   • 税务机关扣款通常基于法定事由，如合同款涉及应税项目但未依法纳税、存在税收违法行为（如偷逃税）或税务机关依法行使税收保全、强制执行措施等。您需第一时间联系扣款税务机关，要求其出具书面扣款通知或说明，明确扣款依据（如具体税种、税目、税率及计算方式）和法律依据（如《税收征收管理法》相关条款）。

2. 分情况处理

   • 若因未依法纳税被扣款：
     • 补缴税款及滞纳金：根据税务机关通知，计算应补缴税款及滞纳金（按日加收万分之五），并在规定期限内完成缴纳，避免进一步处罚。
     • 申请减免滞纳金（如符合条件）：若因不可抗力或税务机关原因导致未及时纳税，可依据《税收征收管理法》第五十二条申请减免滞纳金。
   • 若对扣款依据或金额有异议：
     • 申请行政复议：自收到扣款通知之日起60日内，向上一级税务机关申请行政复议，提交书面申请书、扣款通知、证据材料（如合同、付款凭证、纳税申报表等），主张扣款违法或金额计算错误。
     • 提起行政诉讼：若对复议结果不服，可自收到复议决定书之日起15日内，或复议机关逾期未作决定时，自复议期满之日起15日内，向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更扣款决定。
   • 若因税务机关错误扣款：
     • 要求立即退还：若税务机关因系统错误、程序违法或事实认定错误导致扣款，可要求其立即退还，并依据《国家赔偿法》主张赔偿（如因扣款导致利息损失等）。
     • 投诉举报：若税务机关存在滥用职权、玩忽职守等行为，可向其上级机关或纪检监察部门投诉举报，要求追究相关人员责任。

3. 预防措施

   • 依法纳税：在合同履行过程中，确保涉及应税项目的款项依法申报纳税，避免因未纳税或纳税不足被扣款。
   • 保留证据：妥善保存合同、付款凭证、纳税申报表等材料，以便在发生争议时证明自身合规性。
   • 定期自查：定期对税务合规情况进行自查，及时发现并纠正潜在问题，降低被税务机关处罚的风险。

温馨提示：税务问题涉及专业性强、程序复杂，建议您在处理过程中保留好所有书面材料，并随时向我咨询具体操作细节或法律风险。