侄子把叔叔的房子办了房产证，在农村一般是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 产权归属原则：

   • 在农村，房产通常属于家庭共有财产或个人私有财产。叔叔的房子，除非有明确的赠与、继承或买卖等法律行为，否则产权应归叔叔所有。
   • 侄子在没有经过叔叔同意或没有合法依据的情况下，擅自将叔叔的房子办理房产证到自己名下，侵犯了叔叔的财产权。

2. 房产证办理流程：

   • 房产证的办理需要遵循一定的法律程序，包括提交相关证明材料、进行产权登记等。
   • 侄子若未能提供合法的产权来源证明（如赠与合同、买卖合同、继承证明等），则无法合法办理房产证。

3. 法律后果：

   • 如果侄子擅自办理了房产证，叔叔有权向相关部门申请撤销该房产证，并要求侄子恢复原状、赔偿损失。
   • 侄子还可能因侵犯他人财产权而面临法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

4. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如叔叔因年事已高、身体疾病等原因无法亲自办理房产证，委托侄子代为办理。但这种情况下，侄子应提供有效的委托证明，并按照委托权限行事。

综上所述，侄子在没有合法依据的情况下擅自将叔叔的房子办理房产证到自己名下，通常是不合法的。如果叔叔发现这种情况，应及时向相关部门反映并寻求法律帮助。同时，侄子也应尊重叔叔的财产权，不得擅自处分他人的财产。