结论：大股东在面对小股东持有公章并担任法定代表人的情况下，想要变更相关情况，可以通过协商、股东会决议、诉讼或行政途径等多种方式来实现。以下是对这些方式的详细分析：

1. 协商方式：

   • 法律背景：根据《公司法》及相关规定，公司股东之间应当遵循诚实信用原则，通过协商解决公司内部事务。
   • 建议：大股东可以尝试与小股东进行友好协商，就公章的保管、法定代表人的变更等事项达成一致意见，并签订相关协议。这种方式成本较低，且有助于维护公司内部的和谐稳定。

2. 股东会决议方式：

   • 法律背景：根据《公司法》第三十七条，股东会行使选举和更换非由职工代表担任的董事、监事的职权，对于法定代表人的变更，通常也需通过股东会决议（若法定代表人由董事或经理担任）。同时，公司章程可能对公章的保管和使用有具体规定，股东会可依据章程进行决议。
   • 建议：大股东可以提议召开股东会，就公章的保管、法定代表人的变更等事项进行表决。若大股东持股比例达到法定或章程规定的多数，则可通过股东会决议实现变更。在召开股东会前，应确保通知所有股东，并按照法定或章程规定的程序进行。

3. 诉讼方式：

   • 法律背景：若小股东拒绝协商或股东会决议无法达成，大股东可以考虑通过诉讼途径解决。例如，若小股东滥用公章或法定代表人职权损害公司利益，大股东可以提起损害公司利益责任纠纷之诉。此外，若小股东的行为构成对公司控制权的非法侵占，大股东还可以考虑提起公司决议效力确认之诉或公司证照返还之诉等。
   • 建议：在提起诉讼前，大股东应收集充分证据，证明小股东的行为违法或违约，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。诉讼过程可能较为复杂且耗时较长，但一旦胜诉，将具有强制执行力。

4. 行政途径（如涉及公章管理违规）：

   • 法律背景：若小股东持有公章的行为违反了相关行政法规或规章（如公章管理规定），大股东可以向相关部门（如公安机关）举报或投诉。
   • 建议：在采取行政途径前，大股东应了解相关行政法规或规章的具体规定，并收集小股东违规持有公章的证据。行政途径可能涉及行政处罚或行政强制措施等，但具体效果需视情况而定。

可能法律后果：

• 若通过协商或股东会决议方式成功变更，则公司内部治理结构将得到优化，有助于公司的长期发展。
• 若通过诉讼方式解决，则可能面临诉讼成本较高、诉讼周期较长等风险。但一旦胜诉，将具有强制执行力，能够有效维护大股东的合法权益。
• 若采取行政途径，则可能面临行政处罚或行政强制措施等风险。但若小股东的行为确实违反了相关行政法规或规章，则行政途径可能是一种有效的解决方式。

进一步思考：

• 在处理此类问题时，大股东应充分考虑公司内部的实际情况和利益平衡，避免采取过于激进或极端的措施。
• 同时，大股东应加强与小股东的沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。若无法达成一致意见，则应及时咨询专业律师并制定合适的应对策略。

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