核心结论：转让店铺一年后发现合同有问题，可先尝试与对方协商解决；若协商不成，需根据合同问题的具体类型，判断是否在诉讼时效内，进而考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决。以下是详细分析：

协商解决

• 操作方式：首先，你可以主动与店铺转让的对方取得联系，心平气和地说明你在合同中发现的问题，比如合同条款存在歧义、某些关键事项未明确约定、对方存在违约行为但当时未察觉等。尝试与对方就这些问题进行沟通，看能否通过重新协商，对合同进行补充约定、修改条款或者达成新的解决方案，例如调整转让价格、明确双方后续的权利义务等。
• 优势：协商解决成本较低，不需要耗费大量的时间和精力去走法律程序，而且如果双方能够达成一致，可以快速解决问题，维护良好的商业关系。
• 劣势：如果对方不愿意配合协商，或者双方对问题的分歧较大，无法达成一致意见，那么协商这种方式可能就无法有效解决问题。

法律途径解决

• 判断诉讼时效
  • 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在店铺转让合同纠纷中，如果你发现合同问题后，认为自己的权益受到了侵害，那么从你知道或应当知道这个侵害事实之日起开始计算诉讼时效。虽然你已经转让店铺一年才发现合同有问题，但只要从你发现之日起未超过三年，一般仍在诉讼时效内。
  • 特殊情况：如果存在一些导致诉讼时效中止或中断的情形，比如你在发现合同问题后，一直向对方主张权利，或者对方同意履行义务等，那么诉讼时效可能会重新计算或者暂停计算，具体需要根据实际情况来判断。
• 选择解决方式
  • 诉讼：如果协商不成，且在诉讼时效内，你可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在起诉前，你需要准备好相关的证据材料，如店铺转让合同、与合同问题相关的沟通记录、支付转让款的凭证等，以证明你的主张。法院会根据双方提供的证据和法律规定，对案件进行审理并作出判决。如果判决结果对你有利，对方不履行判决义务的，你还可以申请法院强制执行。
  • 仲裁：如果店铺转让合同中有仲裁条款，或者双方在纠纷发生后达成仲裁协议，那么你可以根据仲裁条款或仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁具有一裁终局的特点，裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。仲裁程序相对灵活，效率较高，但也需要你按照仲裁规则准备好相关的证据材料。

在处理这类问题时，情况可能会比较复杂，如果你对具体的法律程序和操作不太熟悉，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供详细、专业的解答。