在刑事案件中，司法机关确实有权且可能会根据需要查询手机记录，但这一行为受到严格的法律规范和程序限制，旨在保护个人隐私与确保司法公正之间的平衡。以下是对这一问题的详细解析：

一、司法机关查询手机记录的法律依据

在刑事案件的侦查、起诉和审判过程中，公安机关、国家安全机关、人民检察院和人民法院等司法机关，为了收集证据、查明案件事实，有权依法对涉案人员的手机记录进行查询。这一权力来源于《刑事诉讼法》等相关法律法规，它们明确规定了司法机关在办理刑事案件时的调查取证权。

二、查询手机记录的具体情形

1. 侦查阶段：公安机关在立案侦查后，为了收集犯罪嫌疑人的犯罪证据，可能会对其手机记录进行查询，包括通话记录、短信内容、社交媒体聊天记录等。

2. 起诉阶段：人民检察院在审查起诉时，如果认为有必要，也会对犯罪嫌疑人的手机记录进行查询，以进一步核实案件事实和证据。

3. 审判阶段：在法庭审理过程中，如果手机记录被作为证据提交，法院也会对其进行审查，以判断其真实性、合法性和关联性。

三、查询手机记录的程序限制

1. 合法性审查：司法机关在查询手机记录前，必须确保查询行为符合法律法规的规定，如必须持有合法的搜查证、调取证据通知书等法律文书。

2. 必要性原则：查询手机记录应当遵循必要性原则，即只有在确实需要查询手机记录才能查明案件事实的情况下，才能进行查询。

3. 保密性要求：查询到的手机记录属于个人隐私信息，司法机关必须严格保密，不得泄露给无关人员或用于非司法目的。

四、个人隐私保护

虽然司法机关有权查询手机记录，但个人隐私权同样受到法律保护。如果司法机关的查询行为侵犯了个人隐私权，被查询人有权依法提出异议或寻求法律救济。同时，对于未成年人等特殊群体的手机记录查询，法律也规定了更为严格的保护措施。

五、建议与注意事项

1. 配合司法机关调查：如果涉及刑事案件，被查询人应当积极配合司法机关的调查工作，如实提供相关信息和证据。

2. 了解自身权益：被查询人有权了解查询行为的法律依据、程序限制和保密要求等，以维护自身合法权益。

3. 寻求法律帮助：如果认为司法机关的查询行为侵犯了自身权益，被查询人可以寻求律师等法律专业人士的帮助，依法维护自身权益。

综上所述，刑事案件中司法机关确实有权查询手机记录，但这一行为受到严格的法律规范和程序限制。在保护个人隐私的同时，也确保了司法公正和案件事实的查明。