结论：在我国，16岁女性与13岁男性发生性关系，若女性明知对方未满14周岁，则可能构成强奸罪（从犯或帮助犯的特殊情形需具体分析，但通常直接认定为主犯的强奸行为，因我国刑法对奸淫幼女有特殊规定）；若女性不知对方年龄且对方外貌、行为等未明显显示其未成年，则可能不构成犯罪，但需结合具体证据判断。以下从法律定义、年龄界限、法律后果及特殊情况四个方面进行详细分析：
一、法律定义与年龄界限
强奸罪的定义：根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条，强奸罪是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性交的行为。同时，该条款还特别指出，奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
年龄界限：在我国刑法中，与不满14周岁的幼女发生性关系，无论幼女是否自愿，均构成强奸罪。这是因为不满14周岁的幼女在身心发育上尚未成熟，缺乏足够的判断力和自我保护能力，因此法律对其给予特殊保护。
二、法律后果
构成强奸罪的情况：若16岁女性明知对方为不满14周岁的幼男（尽管此案例中为男性，但法律条文中的“幼女”在此类情境下可类比理解为对未成年人的保护，实际处理时因性别差异可能涉及不同罪名或情节认定，但核心在于对未成年人的保护原则不变，此处为说明法律原则而类比），仍与其发生性关系，则构成强奸罪。根据刑法规定，奸淫幼女的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。但考虑到本案中女性年龄也较小，且实际司法实践中可能涉及从犯、帮助犯等情节的认定（不过通常在此类直接发生性关系的情况下，会直接认定为主犯的强奸行为，因为我国刑法对奸淫幼女有特殊且严厉的规定），具体量刑需根据案件具体情况由法院裁定。
不构成犯罪的情况：若16岁女性确实不知对方为不满14周岁的幼男，且对方在外貌、行为等方面未明显显示其未成年，同时双方发生性关系时未使用暴力、胁迫等手段，且女性未从中获取任何利益（如金钱、物质等），则可能不构成犯罪。但这种情况需要严格的证据支持，包括双方的陈述、证人证言、监控录像等，以证明女性确实不知对方年龄且未使用任何非法手段。
三、特殊情况与考量
双方年龄接近：在本案中，双方年龄相差3岁，且均处于青春期。这种情况下，法律在量刑时可能会考虑双方的年龄差异、心理成熟度以及行为动机等因素，对女性从轻或减轻处罚（但需明确，这并不意味着不构成犯罪，只是量刑时的考量因素）。
社会影响与道德评价：除了法律后果外，此类行为还可能受到社会舆论的谴责和道德评价的负面影响。对于涉事双方及其家庭来说，这可能是一次深刻的教训和反思的机会。
四、建议与提醒
增强法律意识：无论是男性还是女性，在青春期都应增强法律意识，了解性行为的法律后果和责任。避免因一时冲动或好奇而触犯法律。
尊重他人意愿：在任何情况下，都应尊重他人的意愿和选择。不得使用暴力、胁迫或其他手段强迫他人与自己发生性关系。
及时寻求帮助：如果发现自己或他人可能涉及性犯罪或受到性侵害，应及时向家长、老师或警方寻求帮助和支持。
作为张金荣律师，我提醒您，在处理此类敏感问题时，务必保持冷静和理性。如果您或您身边的人遇到类似法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。