业主在楼顶种菜种花是否违法，主要取决于是否获得了必要的许可、是否遵守了相关法律法规及小区管理规定，以及是否对他人或建筑安全造成了影响。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的情况
全体业主同意且符合规定：
- 若楼顶属于全体业主共有的区域，在经过全体业主同意（如通过业主大会讨论通过），并制定了合理的楼顶使用规则，明确种植花草或蔬菜的范围、方式等，同时确保不存在安全隐患的情况下，楼顶种菜种花是合法的。
个人产权且无违规：
- 如果楼顶属于个人产权（如购买顶层房屋时合同明确约定楼顶归个人使用），并且个人在种植过程中严格遵守了法律法规，没有损害公共利益，也没有影响相邻关系，那么种植花草或蔬菜是个人合法的自主行为。
二、违法的情况
未经许可占用公共区域：
- 楼顶通常被视为建筑物的共有部分，归全体业主共同所有。未经全体业主或业主大会的明确同意，私自占用楼顶进行种植，将构成擅自占用公共区域的违法行为，侵犯了其他业主的合法权益。
破坏建筑结构或造成安全隐患：
- 在种植过程中，若对楼顶原有结构进行改动，如打孔、破坏防水层等，可能导致楼顶漏水、墙体开裂等安全问题，不仅违反了相关建筑法规，还可能因造成他人财产损失而需承担法律责任。
违反小区管理规约：
- 小区管理规约是全体业主共同制定的规则，具有约束力。如果规约中明确禁止在楼顶种植花草或蔬菜，那么任何违反此规定的种植行为都是不被允许的。物业有权采取管理措施，如要求整改，甚至可能引发法律纠纷。
违反城市规划等其他规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若屋顶种植花草或蔬菜搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
三、法律后果与建议
- 法律后果：对于违反规定在楼顶种菜种花的行为，物业管理公司或业主委员会有权制止并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。若违规业主拒不改正，物业管理公司或业主委员会可向相关部门投诉或提起诉讼以维护全体业主的合法权益。
- 建议：在决定楼顶种植前，务必了解并遵守当地的相关法律法规及小区管理规定。若是共有区域，应事先征得全体业主或业主大会的同意，并制定详细的楼顶使用规则。确保种植过程不会对建筑结构造成破坏，也不会对他人生活造成影响。与邻居保持良好沟通，避免因种植行为引发不必要的矛盾。
综上所述，业主在楼顶种菜种花需谨慎对待，确保行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。