结论：对方全责的情况下，车辆被扣留在维修厂是否合法，需根据扣留的主体、目的及程序来判断。若扣留行为由交警部门依法进行，且符合法定程序，则是合法的；若扣留行为由维修厂或其他非法定主体擅自进行，则可能不合法。

分析说明：

1. 交警部门依法扣留车辆的情况：

   • 法律依据：根据《道路交通安全法》的相关规定，在交通事故发生后，交警部门有权根据事故调查的需要，依法扣留事故车辆。这种扣留行为是为了进行事故责任认定、检验鉴定等法定程序，是合法的。
   • 扣留程序：交警部门在扣留车辆时，应当出具扣留凭证，并告知当事人扣留的理由和期限。在扣留期间，车辆应当妥善保管，不得擅自使用或损坏。
   • 维修厂的角色：在交警部门依法扣留车辆后，车辆可能会被送至指定的维修厂进行检验鉴定或维修。但此时，维修厂只是接受交警部门的委托或指示进行相关工作，并不具有扣留车辆的法定权力。

2. 维修厂或其他非法定主体擅自扣留车辆的情况：

   • 非法性：如果维修厂或其他非法定主体在未经交警部门授权或未依法定程序的情况下，擅自扣留事故车辆，则这种行为是违法的。
   • 法律后果：对于擅自扣留车辆的行为，当事人有权要求扣留者立即返还车辆，并可以依法追究其法律责任。如果因扣留行为给当事人造成损失的，扣留者还应当承担赔偿责任。

特殊场景：

• 在某些情况下，如果事故车辆存在严重损坏或安全隐患，且无法立即移走，交警部门可能会指示维修厂对车辆进行临时保管或固定。但这种保管或固定行为并不等同于扣留，且应当明确告知当事人并记录在案。

行动建议：

• 如果您的车辆在对方全责的事故中被扣留在维修厂，且您怀疑扣留行为不合法，建议您首先与维修厂沟通，了解扣留的具体原因和依据。
• 如果沟通无果或您认为扣留行为确实不合法，您可以向交警部门反映情况，要求其介入调查并处理。
• 同时，您也可以考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。

法律依据：

• 《道路交通安全法》第七十二条：公安机关交通管理部门接到交通事故报警后，应当立即派交通警察赶赴现场，先组织抢救受伤人员，并采取措施，尽快恢复交通。交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据；因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。