面对做部队工程被恶意审计的情况，你可以采取以下措施来应对：
了解审计目的与依据：
- 首先，要明确审计的目的和依据。部队工程审计通常是为了确保工程资金使用的合规性、工程质量的达标性以及工程进度的合理性。如果审计被认定为“恶意”，可能是指审计过程中存在不公正、不合理或超出法定权限的行为。
- 你可以要求审计方提供审计的法律依据、审计程序以及审计所依据的具体标准，以便你评估审计的合法性和合理性。
收集并整理相关证据：
- 在面对恶意审计时，收集并整理相关证据是至关重要的。这包括但不限于工程合同、施工图纸、施工记录、验收报告、付款凭证等。
- 这些证据将有助于你证明工程实施的合规性、质量的达标性以及资金使用的合理性，从而对抗不公正的审计结论。
与审计方沟通协商：
- 在收集到足够证据后，你可以尝试与审计方进行沟通协商，解释工程实施的具体情况，提供相关证据，并请求审计方重新评估或修正审计结论。
- 沟通时，保持冷静和理性，避免情绪化或对抗性的言辞，以促进问题的和平解决。
寻求上级或第三方机构的帮助：
- 如果与审计方的沟通协商未能取得满意结果，你可以考虑向审计方的上级机构或第三方独立审计机构寻求帮助。
- 上级机构或第三方机构可能具有更高的权威性和公正性，能够对你的情况进行更客观、全面的评估，并给出更合理的审计结论。
考虑法律途径：
- 如果上述措施均未能解决问题，且你认为审计行为严重侵犯了你的合法权益，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 这可能包括提起行政诉讼或民事诉讼，要求法院对审计行为的合法性进行审查，并判决审计方承担相应的法律责任。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国审计法》及相关法律法规，审计机关在行使审计职权时，必须遵循法定程序和权限，确保审计的公正性和合法性。如果审计行为存在违法或不当之处，你有权提出异议并寻求救济。
- 在面对恶意审计时，保持冷静和理性至关重要。不要采取过激或对抗性的行为，以免加剧矛盾或损害自己的权益。
- 寻求专业法律帮助也是明智之举。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你应对恶意审计问题，维护你的合法权益。
可能法律后果：
- 如果审计行为被认定为违法或不当，审计方可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于撤销或修正审计结论、赔偿损失等。
- 同时，你也可能因成功应对恶意审计而获得相应的法律救济和赔偿。
如果你有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。