若发现电动自行车车牌被盗用并产生了违法行为，应立即采取以下措施以维护自身合法权益并配合相关部门处理：

1. 及时报警并保留证据

   • 报警：第一时间向当地公安机关报案，详细说明车牌被盗用的情况，包括被盗时间、地点、可能的使用人信息（如有）等。报警后，公安机关会出具受案回执或立案通知书，这是后续维权的重要证据。
   • 保留证据：收集并保留所有与车牌被盗用相关的证据，如车辆停放记录、监控录像（如有）、报警记录、受案回执或立案通知书等。这些证据将有助于证明你的车牌被盗用，并为你后续的维权行动提供支持。

2. 向交通管理部门说明情况

   • 提交书面说明：向当地交通管理部门（如交警大队）提交书面说明，详细陈述车牌被盗用的事实，并附上报警记录、受案回执或立案通知书等证据。交通管理部门将根据你的说明和证据，对违法行为进行调查处理。
   • 申请撤销违法记录：如果因车牌被盗用而产生了违法记录，你可以向交通管理部门申请撤销这些记录。在申请时，你需要提供充分的证据证明你的车牌被盗用，并说明违法行为并非你所为。

3. 关注案件进展并配合调查

   • 保持沟通：与公安机关和交通管理部门保持密切联系，及时了解案件进展情况。如果公安机关需要你提供进一步的证据或协助调查，你应积极配合。
   • 关注处理结果：关注交通管理部门对违法行为的处理结果。如果违法行为得到了妥善处理，且你的违法记录已被撤销，你可以放心继续使用你的电动自行车。

4. 考虑法律途径维权

   • 如果损失严重：如果车牌被盗用给你造成了严重的经济损失或名誉损害，你可以考虑通过法律途径维权。例如，你可以向法院提起民事诉讼，要求盗用者赔偿你的损失并恢复你的名誉。
   • 咨询专业律师：在采取法律途径维权前，建议你咨询专业律师的意见。律师将根据你的具体情况和证据情况，为你提供专业的法律建议和维权方案。