在合同中明确约定超出工程量的承担方式，是避免后续纠纷的有效手段。针对您提出的“合同超出工程量由甲方承担”这一需求，以下是从不同角度给出的详细解答：
一、合同条款的明确约定
工程量变更条款：
- 在合同中应设立专门的“工程量变更”条款，明确约定在何种情况下工程量会发生变更，以及变更后的处理方式。
- 具体可表述为：“如因设计变更、甲方要求或其他非乙方原因导致工程量增加，超出原合同约定的部分，由甲方承担增加的费用及工期延误责任。”
费用计算与支付方式：
- 明确超出工程量的费用计算方式，如按照实际发生的工程量乘以单价计算，或按照双方协商确定的其他方式计算。
- 约定支付方式和时间，确保乙方在完成超出工程量后能够及时获得相应的报酬。例如：“超出工程量的费用，甲方应在乙方提交结算报告后XX日内审核完毕，并在审核确认后XX日内支付至乙方指定账户。”
二、法律背景与依据
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》第五百一十条：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。”因此，在合同中明确约定超出工程量的承担方式，是符合法律规定的。
- 同时，《民法典》第五百七十七条也规定了：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”如果甲方未按照合同约定承担超出工程量的费用，乙方有权要求甲方承担违约责任。
建设工程合同特殊性：
- 建设工程合同具有特殊性，其履行过程中往往涉及大量的工程量变更和费用调整。因此，在签订合同时，双方应充分考虑可能出现的工程量变更情况，并明确约定相应的处理方式。
三、实际操作建议
详细记录工程量变更情况：
- 在施工过程中，乙方应详细记录工程量变更的情况，包括变更的原因、时间、地点、变更后的工程量等，并及时通知甲方进行确认。
- 甲方在收到乙方的通知后，应及时进行审核和确认，避免后续纠纷的发生。
保留相关证据材料：
- 乙方应保留与工程量变更相关的所有证据材料，如设计变更通知、甲方要求变更的书面文件、现场签证单等。
- 这些证据材料在后续纠纷处理中将起到至关重要的作用。
及时沟通协商：
- 在工程量变更发生后，双方应及时进行沟通协商，就超出工程量的费用承担方式达成一致意见。
- 如果双方无法协商一致，可以寻求第三方调解或仲裁机构进行裁决。
综上所述，在合同中明确约定超出工程量的承担方式是非常重要的。如果您在签订或履行建设工程合同过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。