公司虚开发票5000万属于极其严重的违法行为，将面临严厉的刑事处罚和行政处罚，同时公司及相关责任人员还需承担民事赔偿责任。以下从刑事、行政、民事三个角度详细分析：
一、刑事处罚
- 罪名认定：根据《刑法》第二百零五条，虚开发票行为可能构成虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪，或虚开发票罪。若虚开的是增值税专用发票或可抵扣税款的其他发票，且数额巨大（5000万属于“数额特别巨大”），将面临更重的刑罚。
- 量刑标准：
- 虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款发票：数额特别巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或没收财产。
- 虚开发票罪：情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 责任人员：直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将被追究刑事责任，刑罚与单位相同。
二、行政处罚
- 税务机关处罚：根据《税收征收管理法》第六十三条，虚开发票的，由税务机关追缴税款、滞纳金，并处不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 其他行政处罚：还可能面临工商、海关等部门的联合处罚，如吊销营业执照、限制市场准入等。
三、民事赔偿
- 国家损失赔偿：公司需赔偿因虚开发票导致的国家税款损失。
- 第三方损失赔偿：若虚开发票行为给第三方（如客户、供应商）造成损失，公司也需承担赔偿责任。
四、应对建议
- 立即停止违法行为：公司应立即停止虚开发票行为，避免损失进一步扩大。
- 主动配合调查：积极配合税务、公安等部门的调查，如实说明情况，争取从轻处理。
- 寻求法律帮助：尽快咨询专业律师，制定应对策略，降低法律风险。
虚开发票是严重的违法行为，不仅会给公司带来巨大的法律风险和经济损失，还会对相关责任人员的个人前途造成严重影响。因此，公司应严格遵守法律法规，诚信经营，避免任何形式的虚开发票行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。