核心前提：用户与租车公司签订的合同已超过3年，可能涉及合同效力、履行、终止或纠纷处理等问题。以下分情况说明：

1. 若合同已自然履行完毕
   若双方已按合同约定完成全部义务（如租车期满、费用结清、车辆归还等），且无争议，则合同权利义务已终止。此时无需额外处理，但建议保留合同及履行凭证（如付款记录、验车单等）至少3年，以备潜在纠纷。

2. 若合同仍在履行中

   • 长期租赁合同：若合同约定租赁期限超过3年（如5年分期付款租车），且双方未协商终止，则合同继续有效，需按约定履行。
     
   • 自动续期条款：部分合同可能约定“期满自动续期”，需核查合同文本。若存在此类条款且未书面终止，可能视为续期，需按新期限履行。
     
   • 无续期约定：若合同未约定续期且期满后未续签，但实际仍在使用车辆，可能形成不定期租赁关系。此时任何一方可随时解除合同，但需合理通知对方（如提前30日）。

3. 若合同存在纠纷

   • 诉讼时效问题：若因合同产生纠纷（如费用争议、车辆损坏赔偿等），需注意诉讼时效。根据《民法典》，一般诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若已超过3年且无中断、中止事由，对方可能提出时效抗辩，导致败诉风险。
     
   • 例外情形：若纠纷涉及持续侵权（如长期拖欠费用且持续使用车辆），时效可能从最后一次侵权行为起算，需结合具体事实判断。

4. 建议行动

   • 核查合同文本：重点查看租赁期限、续期、终止、违约责任等条款。
     
   • 固定证据：保留合同、付款记录、沟通记录、车辆交接单等，以备维权或抗辩。
     
   • 协商或诉讼：若存在纠纷，优先协商解决；协商不成，可依据合同约定或法律规定起诉或申请仲裁。
     

总结：合同超过3年后的处理需结合履行情况、合同条款及纠纷类型综合判断。若您有具体合同文本或纠纷细节，可进一步向我咨询，我将结合事实与法律为您详细分析。