在公诉案件中，被告人不能提起反诉。这一结论基于公诉案件的性质与特点，以及反诉在公诉案件中的不适用性。以下是对此问题的详细分析：

一、公诉案件的性质与特点

公诉是指人民检察院依照相关法律规定，代表国家追究被告人的刑事责任而向人民法院提起的诉讼。在公诉案件中，诉讼一方是代表国家行使追诉权的人民检察院，另一方是被告人。这种关系不是平等主体之间的争议，而是国家对个人犯罪行为的追诉。因此，公诉案件的本质决定了其不存在反诉的概念，因为诉讼一方是行使国家追诉权的人民检察院，而非平等主体之间的争议。

二、反诉的定义与不适用原因

反诉是指在已经开始的民事诉讼程序中，本诉的被告以本诉的原告为被告，提出的与本诉有牵连的独立反请求。然而，在公诉案件中，由于不涉及平等主体之间的争议，且是由国家检察机关代表国家提起公诉，因此不存在被告人对公诉人提起反诉的情况。反诉的适用场景主要是民事诉讼，而公诉案件属于刑事诉讼范畴，两者在性质、目的和程序上均存在显著差异。

三、公诉转自诉案件中的反诉问题

对于公诉转自诉案件，即原本应由检察机关提起的公诉案件，因特定原因（如检察机关不起诉、撤销案件等）转为由被害人自行向法院提起的自诉案件，被告人通常也不能提起反诉。这是因为：

1. 案件性质与严重程度：公诉转自诉案件的性质和严重程度往往较高，关乎国家和社会公共利益以及被害人的合法权益。这类案件即使转为自诉，其公诉属性仍在一定程度上存在，因此不允许被告人提起反诉。
2. 法律规定与司法实践：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第四百一十二条的规定，第二审期间，自诉案件的当事人提出反诉的，应当告知其另行起诉。这一规定间接否定了自诉案件中（包括公诉转自诉案件）反诉的合法性。同时，司法实践中也普遍认为公诉转自诉案件中不允许反诉，以维护诉讼程序的稳定性和严肃性。

四、被告人对公诉有异议的处理方式

虽然被告人在公诉案件中不能提起反诉，但他们仍然有多种法律途径来维护自己的合法权益：

1. 陈述和辩解：在法庭审理过程中，被告人有权就指控的事实进行陈述，对证据发表意见，为自己作无罪或者罪轻的辩解。
2. 上诉：如果被告人对一审判决不服，可以根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百二十七条的规定，用书状或者口头向上一级人民法院上诉。通过二审程序，上级法院对案件进行重新审查，以纠正可能存在的错误裁判。
3. 申诉：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十二条的规定，当事人及其法定代理人、近亲属对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉。如果申诉符合法律规定的特定情形（如新证据的出现、原判决证据不确实等），人民法院应当重新审判。

综上所述，公诉案件中被告人不能提起反诉，但可以通过陈述和辩解、上诉以及申诉等方式来维护自己的合法权益。如果您在公诉案件中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。