合作项目内部承包协议在依法成立且满足特定条件的情况下是有效的。以下是对这一结论的详细阐述：
主体适格：
- 合作双方必须具备相应的民事行为能力。对于法人或非法人组织，需确保它们已依法设立并具备与合作项目相匹配的经营范围和资质。例如，如果合作项目涉及建筑施工，那么承包方需持有相应的建筑施工资质。
意思表示真实：
- 协议内容应反映双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。这要求双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成一致意见。
内容合法合规：
- 协议条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。合作项目的范围、质量、期限、价款支付等关键条款都必须符合相关法律法规的要求。
形式符合要求：
- 合作项目内部承包协议通常应采用书面形式，并明确双方的权利和义务。此外，根据法律法规或行业惯例，可能还需要满足特定的签字盖章等形式要件。
不违反法定程序：
- 对于依法必须招标的合作项目，必须经过合法的招标程序。否则，在此基础上签订的内部承包协议将无效。
如果合作项目内部承包协议存在以下情形，则可能被认定为无效：
- 主体不具备资质：如承包方没有相应的资质或超越资质等级承揽项目。
- 违法分包、转包：如将项目违法分包或整体转包给他人。
- 其他违法行为：如存在恶意串通、损害他人利益等行为。
在实际操作中，为确保合作项目内部承包协议的有效性，双方应注意以下事项：
- 严格进行资质审查：在签订协议前，双方应仔细核查对方的资质和信用状况。
- 明确合同条款：协议应详细约定合作项目的范围、质量、期限、价款支付等关键条款，以避免后续产生争议。
- 约定违约责任：双方应明确约定违约责任和争议解决方式，以便在发生纠纷时能够迅速有效地解决问题。
综上所述，合作项目内部承包协议的有效性取决于多个因素。双方当事人在签订协议时应谨慎审查合同条款，确保协议的合法性和有效性，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。