结论：两人合作中，一方作为法人重新补一套章是否违法，需根据具体情况判断，一般而言，若补章行为符合公司章程和法律规定，且未损害合作方利益，则不违法；反之，若补章行为未经合法程序或存在恶意，则可能违法。

详细分析：

1. 合法补章的情况：

   • 公司章程允许：如果公司章程中明确规定了法人有权在特定情况下重新补制公司印章，且该补章行为符合章程规定的程序和条件，那么这种补章行为是合法的。
   • 合法程序补章：即使公司章程没有明确规定，但如果法人按照相关法律法规（如《公司法》、《印章管理条例》等）的规定，通过合法程序（如召开股东会或董事会决议、向相关部门备案等）重新补制公司印章，且该补章行为未损害合作方的利益，那么这种补章行为也是合法的。

2. 违法补章的情况：

   • 未经合法程序：如果法人未经公司股东会或董事会决议，也未向相关部门备案，擅自重新补制公司印章，这种行为可能构成违法。因为补章行为涉及到公司的重要权益，必须经过合法程序才能进行。
   • 恶意补章：如果法人补章的目的是为了损害合作方的利益，如私自使用新章签订对合作方不利的合同、转移公司资产等，那么这种补章行为不仅违法，还可能构成犯罪（如诈骗罪、职务侵占罪等）。

法律建议：

• 对于合作方：如果发现法人擅自补章，且怀疑其存在恶意或违法行为，应立即与公司其他股东或董事沟通，了解补章的具体情况和原因。如果确认补章行为违法或损害了自己的利益，可以依法向法院提起诉讼，要求法人承担相应的法律责任。
• 对于法人：在补章前，应仔细阅读公司章程和相关法律法规，确保补章行为符合合法程序和条件。如果补章行为涉及公司重大权益或可能损害合作方利益，应提前与合作方沟通并取得其同意。

可能后果：

• 如果补章行为合法且未损害合作方利益，那么一般不会产生法律后果。
• 如果补章行为违法或损害了合作方利益，那么法人可能面临法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

总之，两人合作中一方作为法人重新补一套章是否违法，需根据具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。