核心结论：学生在申请三方协议时填错了公司名称且已经过学校审核，这种情况下，学生应当尽快采取措施进行更正，以避免可能产生的法律风险和后续麻烦。以下是具体的分析和建议：
一、法律背景与风险分析
三方协议，通常指的是学生、学校和用人单位之间签订的就业协议，它具有一定的法律效力，是学生和用人单位之间就业意向的初步确认。如果协议中的公司名称填写错误，可能会导致协议无效或者产生其他法律纠纷，比如学生可能无法按照协议约定到正确的公司就业，或者公司可能拒绝承认与学生的就业关系。
二、更正措施与建议
立即联系学校就业指导中心：
- 学生应当第一时间向学校就业指导中心报告这一错误，并说明情况。
- 就业指导中心通常会负责审核和盖章三方协议，他们有能力协助学生更正错误或者重新签订协议。
与用人单位沟通：
- 学生应当尽快与填错名称的用人单位取得联系，说明情况并请求更正。
- 如果用人单位同意更正，可以协商重新签订一份正确的三方协议，或者由用人单位出具一份更正声明，并加盖公章，以证明原协议中的公司名称有误，并确认学生的就业意向。
保留证据：
- 在与学校和用人单位沟通的过程中，学生应当保留好所有的沟通记录，包括邮件、短信、电话录音等，以备不时之需。
- 如果重新签订了协议或者获得了更正声明，也应当妥善保管这些文件，作为后续可能出现的法律纠纷的证据。
关注后续流程：
- 学生应当密切关注学校和用人单位的后续流程，确保更正后的协议能够及时得到审核和盖章，或者确保更正声明能够得到认可。
- 如果因为更正错误而影响了就业流程，学生应当及时与学校和用人单位协商解决方案，以避免错过就业机会。
三、可能产生的法律后果与应对
- 如果未及时更正：可能导致学生无法按照原协议到正确的公司就业，或者公司拒绝承认与学生的就业关系，从而引发法律纠纷。
- 如果已及时更正：则通常可以避免上述法律纠纷的发生，学生可以按照更正后的协议或者更正声明到正确的公司就业。
四、特殊情况处理
- 如果学校或用人单位拒绝更正：学生可以考虑向当地的教育部门或者劳动监察部门投诉，寻求帮助和支持。
- 如果因此产生了法律纠纷：学生应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律途径解决纠纷。
总之，学生在申请三方协议时填错公司名称是一个需要尽快处理的问题。通过及时与学校和用人单位沟通、保留证据、关注后续流程以及了解可能产生的法律后果和应对措施，学生可以有效地解决这一问题并避免不必要的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。