发放工资时扣除贴现一般是不合法的，但具体需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是工资支付的基本原则，旨在保障劳动者的合法权益，确保劳动者能够按时足额获得劳动报酬。
二、贴现扣除的合法性分析
贴现定义与性质：
- 贴现通常指的是将未到期的票据（如汇票、本票等）转让给银行或其他金融机构，以获取现金的行为。在工资支付场景中，若用人单位以贴现为由扣除劳动者工资，实际上是将劳动者的工资以某种形式“打折”支付，这违背了工资支付的基本原则。
合法扣除的情形：
- 根据相关法律法规，用人单位在特定情况下可以扣除劳动者工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费、住房公积金等法定费用，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿等。但这些扣除均需有明确的法律依据或合同约定，且扣除金额需合理。
- 贴现扣除并不属于上述合法扣除的情形。除非用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了贴现扣除的相关条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位无权以贴现为由扣除劳动者工资。
违法扣除的后果：
- 如果用人单位违法扣除劳动者工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位补发被扣除的工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 在严重情况下，如用人单位长期、恶意拖欠或克扣劳动者工资，劳动者还有权解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。
三、实际操作建议
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查与用人单位签订的劳动合同，确认其中是否包含关于工资支付、扣除等条款的约定。如发现用人单位存在违法扣除工资的行为，应及时与用人单位沟通协商，要求补发被扣除的工资。
保留证据：
- 劳动者应保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
寻求法律援助：
- 如与用人单位协商无果，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我可以为你提供具体的法律建议和帮助，维护你的合法权益。
总结来说，发放工资时扣除贴现一般是不合法的，除非劳动合同中有明确约定且不违反法律法规的强制性规定。如你遇到此类问题，建议先与用人单位沟通协商，如无法解决，可向我咨询或寻求法律援助。