公司若想在员工被老板辞职并告公司的劳动仲裁案件中打赢官司，需从以下几个方面着手准备和应对：
明确辞职的合法性与程序合规性：
- 合法性：公司需确保老板（或公司管理层）的辞职决定是基于合法且合理的理由，如员工严重违反公司规章制度、严重失职造成重大损失、被依法追究刑事责任等。若辞职理由不合法或不合理，公司可能面临败诉风险。
- 程序合规性：公司应确保辞职程序符合法律法规及公司内部规章制度的要求，包括但不限于提前通知期限、书面通知形式、员工签字确认等。程序上的瑕疵也可能成为员工主张权利的依据。
收集并整理相关证据：
- 辞职相关证据：包括辞职通知、员工签字确认的辞职文件、公司规章制度中关于辞职的规定等，以证明公司辞职决定的合法性与程序合规性。
- 员工违规证据：若员工因违规被辞职，公司需收集并整理员工违规的相关证据，如监控录像、工作记录、同事证言等，以证明员工确实存在违规行为。
- 其他相关证据：如员工工资单、考勤记录、绩效考核表等，以证明公司对员工的管理是合理且合法的。
准备法律文件与答辩材料：
- 法律文件：公司需准备并提交劳动仲裁申请书（若公司作为被申请人，则需准备答辩状）、证据清单及证据材料等法律文件。
- 答辩材料：针对员工的仲裁请求，公司需准备详细的答辩材料，逐一反驳员工的诉求，并阐述公司的立场和理由。
积极参与仲裁过程：
- 出庭应诉：公司应按时出庭应诉，积极参与仲裁过程，充分陈述公司的观点和理由。
- 配合仲裁机构调查：公司应积极配合仲裁机构的调查工作，提供必要的协助和支持。
考虑和解或调解：
- 和解：在仲裁过程中，公司可以考虑与员工进行和解，通过协商达成一致意见，以节省时间和成本。
- 调解：若仲裁机构提出调解建议，公司可以积极响应，通过调解解决纠纷，避免进一步的法律程序。
关注法律动态与案例参考：
- 法律动态：公司应密切关注劳动法律法规的最新动态，确保公司的行为符合法律法规的要求。
- 案例参考：公司可以查阅类似案例的判决结果，了解仲裁机构或法院的裁判倾向，为公司的应诉策略提供参考。
若公司在以上方面均做到充分准备和合理应对，将大大增加打赢官司的可能性。然而，每个案件的具体情况都有所不同，公司需根据实际情况制定具体的应诉策略。若公司在应对过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据公司的具体情况提供专业的法律支持。